Bioinformaticien-ne Junior au Département d'Oncologie

CHUV - Centre Hospitalier Universitaire Vaudois Lausanne — Lausanne
16 AprilSpecialist100%

Bioinformaticien-ne Junior au Département d'Oncologie

Bioinformaticien-ne Junior au Département d'Oncologie

Le poste proposé se situe dans l’équipe Hi-TIDe (Human integrated tumor immunology discovery engine) dont l’objectif est de mieux comprendre deux composantes distinctes de la dynamique entre les tumeurs et les cellules T: quels sont les antigènes de rejet des tumeurs et quelles sont les caractéristiques des cellules T associées à une meilleure efficacité, des questions clés dans le développement de nouvelles thérapies personnalisées.

Le/la bioinformaticien-ne renforcera l’équipe computationnelle travaillant majoritairement sur des analyses de données transcriptomiques. Le/la bioinformaticien-ne générera des approches informatiques adaptées à l’analyse de dataset issus de diverses études (pré) cliniques. 

Ce poste offre l’occasion de développer et d’exécuter des découvertes dans un environnement de recherche translationnelle de pointe.

Département DO - Dpt d'oncologie Code emploi Administrateur-trice de bases de données - 107009Niveau 09Date d'entrée souhaitée 01-06-2021Type de contrat CDDDate de fin de contrat 31-05-2022Catégorie professionnelle Médico-techniquesLieu LausanneTaux d'activité 80 % - 100% Date de début de publication 15-04-2021 Date de fin de postulation 31-05-2021 Référence 06974-MT-209-2021

Contexte

Le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) est l'un des 5 hôpitaux universitaires suisses. Grâce à sa collaboration avec la Faculté de biologie et médecine de l'Université de Lausanne et l'EPFL, le CHUV joue un rôle de pointe dans les domaines des soins médicaux, de la recherche médicale et de la formation.

Mission

Dans le cadre de la mission qui vous sera confiée, vous serez amené-e à :


  • Appliquer et développer des méthodologies d’analyse (existantes ou non) pour de larges quantités de données transcriptomiques jusqu’au niveau de la cellule individuelle

  • Analyse de données transcriptomiques et contrôle qualité de RNA sequencing (bulk and single-cell) sur des tumeurs provenant de nos cohortes internes d'essais cliniques en Adoptive Cell Therapy et sur d'autres cohortes publiques

  • Utiliser des outils informatiques existants afin de comprendre le contexte immunologique de ces tumeurs

  • Développer et utiliser des outils d'analyse de répertoires de séquences TCRs (dans un échantillon global ou au niveau de la cellule individuelle)

  • Aider à améliorer la compréhension des réponses cliniques en les mettant en parallèle avec des analyses d’expression génétiques des cellules immunitaires/tumorales pour comprendre la biologie de la maladie, les biomarqueurs potentiels et les corrélats immunitaires d’efficacité

  • Aider à l'analyse de données protéomiques: Cytof, FACS and tissues Cytof

  • Développer des méthodes et programmes bio-informatiques visant à comprendre le contexte immunologique des tumeurs

  • Mettre en place un programme ou une suite d'opérations ("pipeline") afin d'analyser l'expression des gènes et d'annoter des cellules issues d'analyse single-cell

  • Développer des analyses de déconvolution de signatures immunitaires dans des données d'expression de gènes

  • Collaborer étroitement avec les membres de l'équipe de bioinformatique dans l'activité HiTiDE

  • Générer des rapports intermédiaires et des figures finales vouées à être publiées ou présentées lors de meetings internes

  • Effectuer toutes autres missions qui lui sont demandées dans le cadre de sa fonction.

Profil


  • Vous êtes titulaire d’un Master ou d’un Doctorat en bioinformatique ou d'un titre jugé équivalent

  • Vous détenez une expérience dans l’analyse de données scRNASeq

  • Vous avez de la maîtrise en langages de programmation et en analyses statistiques notamment en R (Python et Perl) ou des packages R dédiés à la biologie tel que Bioconductor

  • Vous bénéficiez d'une expérience dans un environnement UNIX et bash scripting (lancement de pipelines sur serveur et adaptation de scripts)

  • Une première expérience dans l’analyse de données omiques/Machine Learning (ex : transcriptomiques, proteomiques, données de métabolomique), dans le Data Mining de données cliniques ou dans la détection de biomarqueurs est un réel atout

  • Vous savez créer des codes, du software pipelining et établir des processus bien conçus et documentés

  • Vous possédez un bon sens de la communication vous permettant de traiter avec divers partenaires et aimez travailler dans un environnement multidisciplinaire

  • Vous avez des aptitudes pour une conception expérimentale solide pour les expérimentations / processus in-silico

  • Vous êtes capable d’interagir efficacement avec les biologistes de l'unité de recherche pour communiquer / discuter des résultats, des idées et des expériences de suivi

  • Au bénéfice d'une excellente maitrise de la langue anglaise (oral et écrit), votre détenez de très bonnes compétences en communication (publications et présentations)

  • Vous savez vous organiser et gérer votre temps et vos priorités

  • Vous faites preuves d’adaptation et de flexibilité.

Nous offrons

Devenir une collaboratrice ou un collaborateur du Centre hospitalier universitaire vaudois, c'est l'assurance de bénéficier :


  • De prestations sociales de premier ordre

  • D'une progression salariale régulière adaptée aux responsabilités

  • D'un droit à trois jours de formation minimum par année

  • De 25 jours de vacances par année

  • De restaurants d'entreprise de qualité hôtelière, dans chacun des bâtiments de l'institution.

Contact et envoi de candidature

Contact pour informations sur la fonction : Madame Denarda Dangaj, Group Leader Laboratory Hi-TIDe Tumor Microenvironnement and Biomarker Discrovery, tél : 021 314 01 96.

Dans la mesure où toutes nos candidatures sont traitées de manière électronique, nous vous remercions de postuler exclusivement par internet, en cliquant sur le bouton POSTULER en bas de l’annonce. Si pour des raisons techniques vous ne pouvez pas postuler en ligne, nous vous invitons à contacter notre unité Recrutement, qui vous accompagnera dans votre démarche au 021 / 314-85-70 de 08h30 à 12h00 et de 14h00 à 16h30.

Le CHUV applique les exigences de qualité les plus élevées dans le cadre de ses processus de recrutement. En outre, soucieux de promouvoir la diversité de nos collaboratrices et collaborateurs, nous sommes attentifs aux différents parcours de vie et mettons tout en œuvre pour garantir l’égalité de traitement et éviter toute discrimination. Nous nous réjouissons de recevoir votre candidature.

Nous remercions par avance les agences de placement de prendre bonne note que les candidatures insérées par leurs soins directement sur notre plateforme de recrutement ne sont pas acceptées et ne peuvent donner lieu à une facturation. Merci de votre compréhension.

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