Postdoc-Stelle in Bioinformatik

Postdoc-Stelle in Bioinformatik
80-100%

Beschäftigungsbeginn: November 2025 (oder nach Vereinbarung), die Stelle ist für ein Jahr verfügbar (mit der Möglichkeit zur Verlängerung).

Die Universität Bern ist die drittgrößte Universität der Schweiz. Die Stelle bietet ein wissenschaftliches Umfeld von Weltklasse mit einer herausragenden Infrastruktur. Unsere Abteilung an der Universität Bern lädt Bewerbungen für eine Postdoktorandenstelle ein, die an einem innovativen Forschungsprojekt in den Bereichen Chemische Biologie, Enzymtechnik und Biokatalyse arbeitet.

• Durchführung innovativer Forschungsprojekte im Bereich Chemische Biologie, Enzymtechnik und Biokatalyse
• Anwendung und Entwicklung neuartiger Methoden zur Nutzung von Proteinstrukturdaten für die Enzymtechnik
• Implementierung und Nutzung modernster Methoden des maschinellen Lernens, um Erkenntnisse aus Enzymsequenz-/Struktur-Aktivitätsbeziehungen für ein verbessertes experimentelles Design zu gewinnen
• Statistische Analyse von Daten der Enzymtechnik zur Validierung der experimentellen Qualität
• Entwicklung und Ausbau relevanter Laborinfrastruktur und bioinformatischer Workflows
• Betreuung von Praktika, Bachelor- und Masterarbeiten

• Promotion in Bioinformatik, Chemie, Biochemie, Computational Biology, Protein-Design, Wirkstoffdesign/-entdeckung oder einen Masterabschluss mit mehr als 3 Jahren Erfahrung in einem vergleichbaren Arbeitsumfeld
• Kenntnisse moderner Bioinformatik für die Modellierung von Protein-Ligand-Komplexen, Small-Molecule- und Makromoleküldocking sowie Visualisierung und Analyse von Proteinstrukturen und -komplexen. Erfahrung in Molekulardynamik (MD) oder Quantenmechanik/Molekulardynamik (QM/MM) Simulationen sowie Erfahrung mit Rosetta/PyRosetta sind von Vorteil.
• Starke Statistikkenntnisse und die Fähigkeit, diese auf experimentelles Design oder die Analyse großer Datensätze anzuwenden.
• Erfahrung im Algorithmendesign und der Nutzung domänenspezifischer maschineller Lernframeworks ist von Vorteil (z.B. Protein LMs (ESM, ProtTrans), PyTorch, scikit-learn)
• Erfahrung in der Durchführung von Mehrfachsequenzalignments, phylogenetischer Rekonstruktion, Sequenzähnlichkeitsnetzwerken sowie Verarbeitung, Qualitätskontrolle und statistischer Analyse interner und externer biologischer Datensätze einschließlich Next Generation Sequencing (NGS) Daten ist von Vorteil
• Programmierkenntnisse (vorzugsweise Python3). Kenntnisse in Versionskontrolle, Paketverwaltung und Containerisierung (z.B. Git, conda & Docker) sowie Erfahrung mit Unix-basierten Systemen (z.B. Ubuntu) und HPC-Infrastrukturen sind von Vorteil.
• Fließende Englischkenntnisse in Wort und Schrift

• Vielfältige und interessante Aufgaben mit Weiterbildungsmöglichkeiten
• Fortschrittliche Anstellungs- und Sozialversicherungsregelungen gemäß kantonalen Richtlinien
• Zentrale Lage