Data Scientist in der Bildanalyse

Das Departement für Biomedizinische Forschung (DBMR) startet einen neuen Biological Data Science Hub und lädt Bewerbungen für eine/n Data Scientist mit Spezialisierung auf Bildanalyse ein. Dies ist eine einzigartige Gelegenheit, eine Führungsrolle bei der Gestaltung der Zukunft der datengetriebenen biomedizinischen Forschung an der Universität Bern und darüber hinaus zu übernehmen. 

Über den Hub 

Der Biological Data Science Hub verfolgt drei Hauptziele: 

● Ausbildung: Labore befähigen, modernste Data-Science-Methoden anzuwenden, durch Ausbildung von Doktoranden und Postdocs sowie durch die direkte Integration bewährter Praktiken in Forschungsgruppen. 

● Gemeinschaft: Aufbau einer starken Data-Science-Kultur durch regelmäßige Treffen, Zusammenarbeit mit nationalen und internationalen Partnern sowie jährliche Symposien. 

● Offene Daten: Förderung von FAIR-Datenpraktiken, Teilen von Code und Unterstützung reproduzierbarer, kosteneffizienter Forschung. 

Als Säulenleiter für Bildanalyse spielen Sie eine zentrale Rolle bei der Förderung dieser Ziele. 

Ihre Rolle 

Wir suchen eine/n Wissenschaftler/in mit Expertise in biologischer Bildanalyse, der/die technische Exzellenz mit Vision und Eigeninitiative verbindet. In dieser Rolle werden Sie:

● Die Bildanalyse-Säule des Hubs leiten und dabei Unabhängigkeit und Initiative zeigen. 

● State-of-the-art-Pipelines für biologische Bilddaten entwerfen und implementieren. 

● Datensätze kuratieren, sammeln und verwalten und zur Erstellung eines universitätsweiten Repositoriums beitragen. 

● Forschende in den DBMR-Laboren in Best Practices und fortgeschrittenen Bildanalyse-Methoden anleiten und betreuen. 

● Schulungen, Workshops und Community-Events organisieren. 

● Den Hub national und international vertreten, unsere Aktivitäten auf Konferenzen fördern und Kooperationen aufbauen. 

● Zur Festlegung von Standards für FAIR und reproduzierbare Data Science beitragen. 

Ihr Profil 

● PhD oder MSc in Informatik, biomedizinischer Bildanalyse oder einem verwandten Gebiet. 

● Expertise in Image Data Science, einschließlich maschinellem Lernen und Deep Learning. 

● Starke Programmierkenntnisse (Python erforderlich; R oder Ähnliches wünschenswert). 

● Erfahrung in HPC/Linux-Umgebungen und datenparalleler Verarbeitung. 

● Fähigkeit, selbstständig zu arbeiten, Initiative zu ergreifen und Projekte zu leiten. 

● Hervorragende Kommunikations- und Mentoringfähigkeiten mit einer kooperativen Einstellung. 

Wünschenswert: 

● Erfahrung mit Mikroskopie-Bildanalyse (High-Content-Screening, EM, Light-Sheet, Konfokal etc.). 

● Vertrautheit mit Tools wie Fiji, CellProfiler, Napari. 

● Erfahrung in kollaborativer Softwareentwicklung. 

● Hintergrund in Forschungs- oder klinischen Datenumgebungen. 

Wir bieten 

● Eine 3-jährige voll finanzierte Stelle (80–100%). 

● Eine Führungsrolle in einer neu gegründeten, wirkungsvollen Initiative. 

● Möglichkeiten zur Karriereentwicklung und Sichtbarkeit innerhalb der führenden biomedizinischen und Data-Science-Netzwerke der Schweiz (EPFL AI Center, SIB, NCCR RNA & Disease, Zurich Vision Center). 

● Ein dynamisches, internationales und interdisziplinäres Umfeld an der Medizinischen Fakultät. 

● Ein unterstützendes, kollaboratives Expertenteam in KI, Datenanalyse und computergestützter Biologie. 

● Wettbewerbsfähiges Gehalt und Sozialleistungen. 

Praktische Informationen 

● Startdatum: so bald wie möglich 

● Vertragsart 1 Jahr befristet, verlängerbar (bis zu 3 Jahre) 

● Beschäftigungsgrad: 80–100%