SIB Institut Suisse de Bioinformatique
Basel
Vor 14 Stunden
Senior Softwareentwickler
- 11 Februar 2026
- 100%
- Festanstellung
- Basel
Job-Zusammenfassung
Das SIB Swiss Institute of Bioinformatics ist eine renommierte Non-Profit-Organisation. Hier erwartet dich ein innovatives Arbeitsumfeld, in dem du an spannenden Projekten arbeiten kannst.
Aufgaben
- Gestalte die Entwicklung von Ontologien und Datenmodellen mit.
- Optimiere SPARQL-Abfragen für verbesserte Datenintegration.
- Baue Tools zur Harmonisierung von Gesundheitsdaten nach Standards auf.
Fähigkeiten
- Mindestens Masterabschluss in Informatik oder Bioinformatik erforderlich.
- Fundierte Kenntnisse in Semantic Web Technologien nötig.
- Erfahrung mit Python und agiler Softwareentwicklung gewünscht.
Ist das hilfreich?
Über den Job
Das SIB Swiss Institute of Bioinformatics ist eine international anerkannte gemeinnützige Organisation, die sich der biologischen und biomedizinischen Datenwissenschaft widmet. Seine Datenwissenschaftler sind leidenschaftlich daran interessiert, Wissen zu schaffen und komplexe Fragestellungen in vielen Bereichen zu lösen, von Biodiversität und Evolution bis hin zur Medizin. Sie stellen wesentliche Datenbanken und Softwareplattformen sowie Bioinformatik-Expertise und -Dienstleistungen für akademische, klinische und industrielle Gruppen bereit. Das SIB vereint die Schweizer Bioinformatik-Community von etwa 900 Wissenschaftlern und fördert Zusammenarbeit und Wissensaustausch. Das Institut trägt dazu bei, die Schweiz an der Spitze der Innovation zu halten, indem es den Fortschritt in der biologischen Forschung fördert und die Gesundheit verbessert.
Neugierig? Bitte klicken Sie hier um mehr über die Arbeit beim SIB zu erfahren.
Zur Verstärkung unseres Teams in Basel, Schweiz, suchen wir einen
Senior Softwareentwickler
Das Swiss Personalized Health Network (SPHN) ist ein nationales Netzwerk, das vom Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation (SERI) beauftragt wurde, die sichere Wiederverwendung von Gesundheitsdaten für Forschung und Innovation zu ermöglichen. Seine Mission ist es sicherzustellen, dass klinische Informationen, die in Schweizer Krankenhäusern gesammelt werden, FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) gemacht und institutionsübergreifend vergleichbar sind.
SPHN fördert Interoperabilität auf zwei sich ergänzenden Ebenen:
- Semantische Interoperabilität durch gemeinsame Datenmodelle, Ontologien und Terminologien, die es ermöglichen, Gesundheitsdaten institutionsübergreifend konsistent zu verknüpfen, abzufragen und zu verstehen.
- Computationale Interoperabilität durch BioMedIT, eine sichere föderierte IT-Infrastruktur, die Schweizer Krankenhäuser und Forschungseinrichtungen verbindet und vertrauenswürdige Umgebungen für datenschutzfreundlichen Datentransfer, Speicherung und Analyse bereitstellt.
Zur Stärkung seiner semantischen Ebene sucht SPHN einen Senior Softwareentwickler mit fundierter Expertise in Semantic Web-Technologien, insbesondere SPARQL, und einem soliden Verständnis von Datenpipeline-Infrastrukturen und -Architekturen. Der erfolgreiche Kandidat wird zur Gestaltung und Implementierung von Lösungen beitragen, die semantische Interoperabilität im Schweizer Gesundheitsdaten-Ökosystem in die Praxis umsetzen.
- Mitwirkung bei der Gestaltung und Implementierung von Ontologien, Datenmodellen und APIs zur Unterstützung der semantischen Interoperabilität von Gesundheitsdaten.
- Entwicklung und Pflege semantischer Datendienste mit Fokus auf SPARQL-Abfrageoptimierung und Integration mit RDF-Triplestores (z. B. GraphDB, Virtuoso).
- Erstellung von Tools und Workflows zur Unterstützung der Angleichung von Gesundheitsdatensätzen an internationale medizinische Informatikstandards (FHIR, SNOMED CT, LOINC, HealthDCAT).
- Zusammenarbeit mit Klinikern, Forschern und IT-Spezialisten zur Übersetzung von Anforderungen an semantische Interoperabilität in robuste technische Lösungen.
- Leitung der Entwicklung und On-Premises-Implementierung von ETLs und Software wie dem SPHN Connector und Einstein, die eine sichere und standardisierte Datenerkundung in der ganzen Schweiz ermöglichen.
- Mindestens ein Masterabschluss in Informatik, Software Engineering, Bioinformatik oder einem verwandten Bereich sowie fünf Jahre Erfahrung in der Softwareentwicklung oder bei Dateninfrastrukturprojekten oder gleichwertige und zusätzliche Berufserfahrung in einem relevanten Bereich.
- Fundierte Expertise in Semantic Web-Technologien (RDF, SPARQL, SHACL).
- Praktische Erfahrung mit Triplestores (z. B. Virtuoso, GraphDB, Jena Fuseki, Stardog).
- Solide Python-Entwicklungsfähigkeiten, idealerweise einschließlich Frameworks wie FastAPI oder Django/Flask, und Vertrautheit mit Datenverarbeitungsbibliotheken.
- Gutes Verständnis von Softwarearchitekturen, idealerweise mit Erfahrung in Cloud- und HPC-Infrastrukturen; Erfahrung mit OpenStack.
- Erfahrung mit agiler Entwicklung, Versionskontrolle (Git) und CI/CD-Pipelines für automatisierte Tests und Deployment.
- Vertrautheit mit medizinischen Informatikstandards (HL7 FHIR, SNOMED CT, LOINC) ist von Vorteil.
- Praktische Erfahrung mit Containerisierungstechnologien (Docker, Singularity oder Kubernetes) ist von Vorteil.
- Eigeninitiative mit der Fähigkeit, sowohl selbstständig als auch im Team zu arbeiten.
- Starke Problemlösungs- und Analysefähigkeiten, detailorientiert.
- Fähigkeit, in einer agilen Umgebung zu arbeiten.
- Ausgezeichnete Kommunikations- und Teamfähigkeiten.
- Fließende Englischkenntnisse in Wort und Schrift. Französisch, Deutsch oder Italienisch sind von Vorteil.
- Bereitschaft, neue Technologien zu erlernen.
