Wissenschaftlicher Mitarbeiter, Rechnergestützte Ionenkanal-Entwicklung, Synthetische und Strukturelle Biologie (100%)

Das Institut für Molekulare und Klinische Ophthalmologie Basel (IOB) sucht einen hochmotivierten wissenschaftlichen Mitarbeiter. Das IOB ist ein Forschungsinstitut, das Grundlagen- und klinische Forschung verbindet. Seine Mission ist es, Innovationen im Verständnis des Sehens und seiner Erkrankungen voranzutreiben und neue Therapien für den Sehverlust zu entwickeln. Es ist ein Ort, an dem Ihre Expertise geschätzt, Ihre Fähigkeiten gefordert und Ihr Wissen erweitert wird.

Wir suchen einen wissenschaftlichen Mitarbeiter im Bereich rechnergestützte Ionenkanal- und Membranprotein-Entwicklung (Protein-Design, Struktur- und synthetische Biologie). In dieser Rolle steuern Sie einen End-to-End-Design–Build–Test-Zyklus: rechnergestützte Entwicklung von konstruierten Ionenkanälen (z. B. lichtempfindliche Membranproteine), Umsetzung der Designs in Expressionskonstrukte und Validierung der Funktion in Säugerzellensystemen in Zusammenarbeit mit Kollegen, die quantitative Assays durchführen (mit Zugang zu Hochdurchsatz-Elektrophysiologie und fortschrittlicher Bildgebung). Die Position kombiniert moderne strukturbasierte und generative Designansätze mit praktischer experimenteller Umsetzung (Säugerzellkultur, Transfektion/Transduktion, Expressionsoptimierung und Protein-/Funktionscharakterisierung).

• Verantwortung für den rechnergestützten und strukturellen Designzyklus von Ionenkanälen und lichtempfindlichen Membranproteinen (Konzept → Designhypothesen → In-silico-Screening → Auswahl von Kandidaten für Tests) in enger Zusammenarbeit mit experimentellen und translationalen Partnern.
• Definition klarer Designziele und Erfolgskriterien sowie Umsetzung der Designs in praktische Konstrukt- und Assay-Pläne.
• Entwicklung und Anwendung von lernmodellgestützten Protein-Design-Workflows (Strukturvorhersage, inverses Falten/Sequenzdesign, Sequenzbewertung und generative Vorschlagsmethoden) und Integration mit experimentellem Feedback über iterative Designzyklen.
• Durchführung eines gezielten experimentellen Validierungs-Workflows (begrenzte praktische Laborarbeit): Routine-Säugerzellkultur, DNA-Klonierung/Konstruktbearbeitung nach Bedarf, Transfektion/Transduktion und Kleinmaßstab-Expressionsprüfung in HEK/CHO (oder Äquivalent).
• Koordination und Interpretation funktioneller Messwerte, die im Team erzeugt werden (z. B. Elektrophysiologie, Bildgebung, biochemische Assays), und Nutzung der Ergebnisse zur Iteration der Designs.
• Klare Kommunikation von Fortschritten und Ergebnissen in internen Updates, schriftlicher Dokumentation und Projektmeetings; Beitrag zu Konferenzpräsentationen und Manuskripten nach Bedarf.
• Führung genauer Aufzeichnungen und effektive tägliche Kommunikation mit Ihrem Vorgesetzten und den Kollaborateuren.

• Promotion (oder gleichwertige Erfahrung) in Rechnerbiologie, Proteinengineering, Strukturbiologie, Biophysik, Biochemie, Molekular-/Zellbiologie oder einem eng verwandten Fachgebiet.
• ≥3 Jahre postgraduale (oder gleichwertige) Erfahrung mit mindestens zwei der folgenden Bereiche:
  • rechnergestütztes/struktur-basiertes Protein-Design (insbesondere Membranproteine oder Ionenkanäle),
  • lernmodellgestützte Protein-Design-Workflows (z. B. Strukturvorhersage, inverses Falten/Sequenzdesign, proteinsprachmodellbasierte Sequenzbewertung und generative Sequenz-/Strukturvorschlagswerkzeuge),
  • generative oder bibliotheksbasierte Design- und Screening-Strategien (einschließlich gerichteter Evolution),
  • Molekularbiologie für schnelle Design–Build–Test-Zyklen (Klonierung, Konstrukt-Design, Expressionsoptimierung),
  • Metagenomische Mining-/Entdeckungspipelines und Annotation,
  • quantitatives funktionelles Screening (Mikrotiterplatten-Assays und/oder Elektrophysiologie-/Bildgebungs-Messungen).
• Starke Motivation zur Entwicklung und Verfeinerung von Methoden, hauptsächlich in silico, mit einem leichten, aber kompetenten experimentellen Anteil.
• Hohes Maß an Organisation und Genauigkeit; sicher im Umgang mit mehreren Designiterationen bei rigoroser Dokumentation und Versionskontrolle.
• Solide Programmier- und Datenanalysefähigkeiten (z. B. Python) und Erfahrung mit Strukturbiologie- und Protein-Design-Software/Toolchains (z. B. Rosetta; Strukturvorhersage-Workflows wie AlphaFold-abgeleitet oder gleichwertig; inverses Falten/Sequenzdesign und generative Designwerkzeuge; MD/Analyse-Toolchains).
• Praktische Kompetenz in Säugerzellkultur und steriler Technik; Vertrautheit mit BSL1/BSL2-Umgebungen.
• Nachweisbare Erfolge im Protein-Design (z. B. Erstautorenschaft, Open-Source-Beiträge, veröffentlichte Methoden oder nachgewiesene Ergebnisse mit konstruierten Funktionen).

• Wissenschaftliche Exzellenz & Wirkung – Werden Sie Teil eines hochmotivierten Forschungsinstituts an der Spitze der Seh-Forschung, unterstützt durch modernste Einrichtungen in einem internationalen, innovativen Forschungsumfeld in Basel
• Ein Umfeld für Spitzenleistungen – Wir schaffen Bedingungen, die es Ihnen ermöglichen, Ihre beste Arbeit zu leisten: Ein Engagement für langfristige Exzellenz und familienfreundliche Richtlinien
• Praktische Unterstützung & Zugänglichkeit – Günstige Lage in Basel mit hervorragender öffentlicher Verkehrsanbindung, subventionierten Mahlzeiten, Kinderbetreuung und Zugang zu universitären Sporteinrichtungen (Unisport)
• Eine Kultur des gegenseitigen Vertrauens – Wir suchen Kollegen, die Motivation, Innovation und Engagement mitbringen; im Gegenzug bieten wir Ressourcen, Flexibilität und ein Umfeld, in dem außergewöhnliche Arbeit gedeiht

Bewerbung / Kontakt

Interessierte Bewerber werden gebeten, ihre Unterlagen online über die Rekrutierungsplattform einzureichen. Bitte fügen Sie ein Motivationsschreiben und Ihren Lebenslauf bei. Für weitere Informationen besuchen Sie bitte unsere Website www.iob.ch oder kontaktieren Sie Dr. Guilherme Testa-Silva (guilherme.silva@iob.ch)