Senior Computational Microbiologist

Über den Job

Stellenbezeichnung: Senior Computational Microbiologist - 100%

Startdatum: 01.01.2027 (flexibel)

Arbeitsort: Wagistrasse 18, 8952 Schlieren

Arbeitsmodell: 100% vor Ort

Bei CellX Biosolutions AG, einem innovativen ETH-Spin-off, entwickeln wir mikrobielle Lösungen zur Abbau persistenter Umweltverschmutzungen wie PFAS und Pestizide. Unsere Mission ist es, die weltweit erste kommerzielle bakterielle Lösung zur PFAS-Sanierung vom Labor in die industrielle Anwendung zu bringen.

Rollenübersicht

Wir suchen einen Senior Computational Microbiologist, der unsere interne Kompetenz in computergestützter und molekularer Mikrobiologie von Grund auf aufbaut und leitet. Sie werden ein mechanistisches und metabolisches Verständnis dafür entwickeln, wie unsere Bakterienstämme und -gemeinschaften PFAS und andere persistente Chemikalien abbauen. Dieses Verständnis übersetzen Sie in eine computergestützte Pipeline, die die Leistung der Stämme vorhersagt und die rationale Gestaltung synthetischer mikrobieller Gemeinschaften für spezifische Anwendungsfälle steuert.

Diese Rolle verbindet Berechnung und Experiment. Sie arbeiten praktisch mit Sequenzierungsdaten (Illumina, Oxford Nanopore & PacBio) sowie anderen Omics- und Analysedatenströmen. Sie entwerfen auch die Experimente, die computergestützte Vorhersagen in unseren Stämmen validieren. Sie betreuen einen Labortechniker, der die Nasslabor- und Sequenzierungsabläufe unterstützt. Dies ist eine seniorige, wirkungsvolle, 100% vor Ort ausgeübte Rolle mit der Freiheit und Verantwortung, die datenbasierte Produktentwicklung von CellX zu gestalten, während wir vom Labor ins Feld gehen.

Hauptverantwortlichkeiten

Teamleitung & Betreuung

• Betreuung und Mentoring unseres Labortechnikers, der im Projekt tätig ist, Koordination von Nasslabor-, Kultivierungs- und Sequenzierungsabläufen (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio) zur Sicherstellung hochwertiger Daten für die nachgelagerte Analyse
• Festlegung von Prioritäten und Qualitätsstandards für Probenvorbereitung, Sequenzierung und Datenübergabe zwischen Nasslabor und Bioinformatik

Entwicklung von Bioinformatik-Pipelines

• Entwurf, Aufbau und Pflege einer internen Bioinformatik-Pipeline für Genomassemblierung, Annotation und vergleichende Genomik aus Kurz- und Langlese-Sequenzierungsdaten
• Bewertung und Integration der besten verfügbaren Werkzeuge und Methoden, einschließlich KI/ML-Ansätzen, für Genom-Mining, funktionale Annotation und Stammescharakterisierung
• Sicherstellung, dass die Pipeline reproduzierbar, skalierbar und nicht auf aktuelle Technologien beschränkt ist, sodass neue Sequenzierungs- und Omics-Datentypen bei Relevanz integriert werden können

Metabolisches Verständnis & PFAS-Abbau

• Aufbau eines metabolischen Verständnisses, wie unsere Bakterienstämme PFAS abbauen, Identifikation der beteiligten Gene, Enzyme und Stoffwechselwege
• Erstellung und Anwendung von genomweiten metabolischen Modellen zur Vorhersage der Abbaukapazität und des metabolischen Potenzials verschiedener Stämme

Experimentelle Validierung & Stammesentwicklung

• Entwurf und Durchführung von Experimenten, einschließlich genetischer Werkzeuge und funktionaler Tests, zur Validierung vorhergesagter Abbaugene und -wege
• Entwicklung genetischer Werkzeuge für nicht-modellhafte Umweltbakterien zur Unterstützung der Stammescharakterisierung und -verbesserung

Prädiktive Modellierung & Design synthetischer Gemeinschaften

• Entwurf und Implementierung von Modellen, die genomische und funktionale Daten auf Stammebene vorhersagen und daraus lernen, um die vielversprechendsten Stämme zu priorisieren
• Entwicklung eines Rahmens, der steuert, wie synthetische mikrobielle Gemeinschaften je nach Anwendungsfall basierend auf vorhergesagter Stammfunktion und Interaktionspotenzial zusammengesetzt werden sollen

Zusammenarbeit, Feld- & Regulierungsunterstützung

• Enge Zusammenarbeit mit unserem F&E-Team zur Abstimmung der Bioinformatik-Ergebnisse mit experimentellen und Pilotprojekt-Anforderungen
• Überwachung der eingesetzten Stämme in Pilot- und Feldeinsätzen
• Erstellung technischer Dokumentationen für regulatorische und Biosicherheitsgenehmigungen unserer mikrobiellen Produkte
• Beitrag von bioinformatischen Analysen und Erkenntnissen zu internen Berichten und, wo relevant, zu Kundenlieferungen

Ihr Profil

Erforderliche Qualifikationen

• Promotion in Bioinformatik, Computational Biology, mikrobieller Genomik oder einem verwandten Gebiet
• Senior-Erfahrung (typischerweise 5+ Jahre) in der mikrobiologischen Forschung mit Kombination aus computergestützter und experimenteller Arbeit
• Starke Programmierkenntnisse (Python und/oder R) und Erfahrung mit Workflow-Managern (z. B. Nextflow, Snakemake)
• Praktische Erfahrung mit Anwendung von KI/ML-Methoden auf biologische oder genomische Daten (z. B. Funktionsvorhersage, Genom-Mining, metabolische Modellierung)
• Fundiertes Verständnis mikrobieller Physiologie und Metabolismus, einschließlich enzymatischer Transformationen und Abbauwege
• Erfahrung in der Betreuung, im Mentoring oder in der Führung von Junior-Teammitgliedern
• Ausgezeichnete Englischkenntnisse (C1 oder höher)

Bevorzugte Qualifikationen

• Direkte Erfahrung im PFAS-Bereich oder mit dem biologischen Abbau anderer hartnäckiger/xenobiotischer Schadstoffe
• Erfahrung im Design oder der Modellierung synthetischer mikrobieller Gemeinschaften/Konsortien
• Vertrautheit mit Langlese-Sequenzierungsdaten (Oxford Nanopore, PacBio)
• Erfahrung mit regulatorischer Dokumentation oder Feldversuchen angewandter Mikroorganismen
• Vorherige Erfahrung in einem Startup oder angewandten Biotech-Umfeld

Ein Hinweis: Untersuchungen zeigen, dass Frauen und Personen aus marginalisierten Gruppen sich meist nur bewerben, wenn sie alle Kriterien erfüllen. Wenn Sie glauben, qualifiziert zu sein, aber nicht alle Punkte erfüllen, reichen Sie bitte trotzdem eine Bewerbung ein.

Wir bieten

• Eine seniorige, wirkungsvolle Rolle, die CellX's Kompetenz in computergestützter und molekularer Mikrobiologie von Grund auf mitgestaltet
• Ein hochmodernes wissenschaftliches Umfeld an der Schnittstelle von Mikrobiologie, Genomik und Umweltbiotechnologie
• Wettbewerbsfähiges Gehalt und ein Aktienoptionspaket
• Eine kollaborative Startup-Kultur mit schnellen Entscheidungswegen, hohem Verantwortungsgrad und der Möglichkeit, die weltweit erste kommerzielle bakterielle Lösung zur PFAS-Sanierung mitzugestalten

Bewerbungsprozess

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung über das Formular auf unserer Webseite ( http://www.cellx.ch/careers ) inklusive aller folgenden Unterlagen:

•  Anschreiben
• Lebenslauf
• Akademische Zeugnisse/Urkunden
• Kontaktdaten von 2 beruflichen Referenzen