Bioinformatiker

Das interdisziplinäre Clinical Genomics Lab ( http://www.cgl.insel.ch ) vereint genomische und zytogenetische Diagnostik in der Humangenetik, Hämatologie und klinischen Chemie am Inselspital, Universitätsspital Bern, sowie am Institut für Gewebemedizin und Pathologie der Universität Bern. Mit modernsten Technologien untersuchen wir erbliche Erkrankungen, genetische Veränderungen in Krebszellen und Reaktionen auf Medikamente.

Zur Verstärkung unseres Teams suchen wir einen motivierten Bioinformatiker, der lernbegierig ist. In enger Zusammenarbeit mit Spezialisten aus verschiedenen Disziplinen tragen Sie zur routinemässigen klinischen Diagnostik mittels Next-Generation Sequencing (NGS) sowie zur Entwicklung und Implementierung neuer Analysemethoden bei. Sie übernehmen schrittweise die Verantwortung für die Entwicklung, Validierung, Wartung und kontinuierliche Verbesserung klinischer NGS-Workflows.

Das können Sie erwarten

• Entwicklung, Validierung, Wartung und Fehlerbehebung klinischer NGS-Workflows für gezielte Panels, WES und WGS – von der Variantenbestimmung und Annotation bis zur Qualitätskontrolle und Datenübertragung
• Automatisierung und Optimierung reproduzierbarer bioinformatischer Workflows mittels Skripten, Workflow-Management-Systemen und containerisierten Umgebungen
• Entwicklung und Pflege von Datenbanken, Qualitätsmetriken und Überwachungstools für Sequenzierleistung, Workflows und Metadaten
• Weiterentwicklung von Anwendungen und Benutzeroberflächen, die den Zugang zu Sequenzierungsdaten, Qualitätsmetriken und Variantenannotationen erleichtern
• Integration und Optimierung von Labor-Workflows in sLIMS sowie Sicherstellung des Datenaustauschs zwischen Laborsystemen, Instrumenten und bioinformatischen Pipelines in enger interdisziplinärer Zusammenarbeit

Ihr Profil

• Masterabschluss in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder einem verwandten Fachgebiet oder gleichwertige praktische Erfahrung
• Gute praktische Kenntnisse in Python, Linux und Shell-Scripting sowie Grundverständnis von Hochdurchsatz-Sequenzierung und den zugehörigen Analyse-Workflows
• Freude an komplexen technischen Herausforderungen und eine strukturierte, zuverlässige und selbstständige Arbeitsweise
• Lernbereitschaft und Motivation, Ihre Expertise in klinischer Bioinformatik und NGS-Workflow-Engineering weiterzuentwickeln
• Gute Kommunikations- und Teamfähigkeit sowie gute Deutsch- und Englischkenntnisse
• Von Vorteil: Erfahrung mit SQL, Nextflow, Snakemake, HPC-Umgebungen, NGS-Analysetools, Java oder Groovy, klinischen Diagnostik-Workflows, Docker oder Singularity

Das bieten wir

• Sinnvolle Arbeit, die direkt zur Patientenversorgung im wachsenden Bereich der Präzisionsmedizin beiträgt
• Die Möglichkeit, mit modernsten Technologien in einem professionellen klinischen Umfeld mit hohen Qualitätsstandards zu arbeiten
• Ein interdisziplinäres und dynamisches Team mit offener und kooperativer Kultur
• Strukturierte Einarbeitung, professionelle Begleitung und Möglichkeiten, neue Ideen einzubringen sowie sich persönlich und fachlich weiterzuentwickeln

Fragen zur Stelle?

Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an Ursula Amstutz, Leiterin Clinical Genomics Lab

+41 31 63 2 74 70