Universität Basel
Basel
Senior Scientist in Computational Biology (80%)
- 16 September 2026
- 80%
- 4000 Basel
Über den Job
Ab 1. Juni 2027 oder nach Vereinbarung | zunächst befristet auf 5 Jahre mit Verlängerungsmöglichkeit
Das Department für Biomedizinische Technik ist Teil der Medizinischen Fakultät der Universität Basel. Es trägt durch innovative biomedizinische Forschung und ingenieurwissenschaftliche Lösungen zu einer besseren Zukunft bei, indem es Grundlagenwissenschaften in medizinisches Wissen und Innovationen im Gesundheitswesen übersetzt.
Das Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) sucht eine Senior Scientist, die/der eine wachsende Forschungsgruppe mitführt. Unsere Mission ist es zu verstehen, wie frühkindliche Expositionen gegenüber dem Mikrobiom die lebenslange Gesundheit durch ihre Auswirkungen auf das sich entwickelnde Immunsystem prägen. Wir entwickeln mathematische Modelle der kooperativen Entwicklung von Mikrobiom und Immunsystem, um zu quantifizieren, wie frühkindliche Störungen des Mikrobioms antimikrobielle Resistenz, Infektionsdynamiken und nicht übertragbare Krankheiten beeinflussen, mit dem Ziel, unsere Erkenntnisse in umsetzbare Strategien für die pädiatrische Versorgung zu übersetzen. Unsere Arbeit kombiniert statistische und mechanistische mathematische Modellierung, kausale Inferenz und maschinelles Lernen, angewandt auf longitudinale Multi-Omics-Daten aus pädiatrischen Kohorten mit unterschiedlichen sozioökonomischen und geografischen Hintergründen.
Unser Labor wird ab 2027 durch zwei grosse Förderungen unterstützt. RESILIENT (ERC Starting Grant) untersucht, warum sich manche Säuglinge von frühkindlichen Störungen – Antibiotika, Infektionen, Ernährungsumstellungen – erholen, während andere auf einen Weg zu chronischen Krankheiten gesetzt werden, indem bestehende longitudinale Multi-Omics-Daten aus mehreren pädiatrischen Kohorten in Afrika, Asien und Europa synthetisiert werden; dabei werden statistische Analysen, kausale Inferenz und mechanistische Modellierung kombiniert. Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant) erforscht, wie etablierte Darmdysbiose die Immunregulation und Krankheitsprogression bei pädiatrischen Patienten beeinflusst, generiert neue klinische Multi-Omics-Daten und nutzt Deep Learning, Strukturgleichungsmodelle und kausale Inferenz, um Strategien zur Wiederherstellung der immunologischen Homöostase zu identifizieren. Zusammen bringen diese Projekte ein Team von Postdocs, Doktoranden und technischem Personal ins Labor, das mit diversen klinischen und akademischen Partnern zusammenarbeitet.
Das Department für Biomedizinische Technik ist Teil der Medizinischen Fakultät der Universität Basel. Es trägt durch innovative biomedizinische Forschung und ingenieurwissenschaftliche Lösungen zu einer besseren Zukunft bei, indem es Grundlagenwissenschaften in medizinisches Wissen und Innovationen im Gesundheitswesen übersetzt.
Das Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) sucht eine Senior Scientist, die/der eine wachsende Forschungsgruppe mitführt. Unsere Mission ist es zu verstehen, wie frühkindliche Expositionen gegenüber dem Mikrobiom die lebenslange Gesundheit durch ihre Auswirkungen auf das sich entwickelnde Immunsystem prägen. Wir entwickeln mathematische Modelle der kooperativen Entwicklung von Mikrobiom und Immunsystem, um zu quantifizieren, wie frühkindliche Störungen des Mikrobioms antimikrobielle Resistenz, Infektionsdynamiken und nicht übertragbare Krankheiten beeinflussen, mit dem Ziel, unsere Erkenntnisse in umsetzbare Strategien für die pädiatrische Versorgung zu übersetzen. Unsere Arbeit kombiniert statistische und mechanistische mathematische Modellierung, kausale Inferenz und maschinelles Lernen, angewandt auf longitudinale Multi-Omics-Daten aus pädiatrischen Kohorten mit unterschiedlichen sozioökonomischen und geografischen Hintergründen.
Unser Labor wird ab 2027 durch zwei grosse Förderungen unterstützt. RESILIENT (ERC Starting Grant) untersucht, warum sich manche Säuglinge von frühkindlichen Störungen – Antibiotika, Infektionen, Ernährungsumstellungen – erholen, während andere auf einen Weg zu chronischen Krankheiten gesetzt werden, indem bestehende longitudinale Multi-Omics-Daten aus mehreren pädiatrischen Kohorten in Afrika, Asien und Europa synthetisiert werden; dabei werden statistische Analysen, kausale Inferenz und mechanistische Modellierung kombiniert. Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant) erforscht, wie etablierte Darmdysbiose die Immunregulation und Krankheitsprogression bei pädiatrischen Patienten beeinflusst, generiert neue klinische Multi-Omics-Daten und nutzt Deep Learning, Strukturgleichungsmodelle und kausale Inferenz, um Strategien zur Wiederherstellung der immunologischen Homöostase zu identifizieren. Zusammen bringen diese Projekte ein Team von Postdocs, Doktoranden und technischem Personal ins Labor, das mit diversen klinischen und akademischen Partnern zusammenarbeitet.
Ihre Position
Wir suchen eine erfahrene, wissenschaftlich aktive Forscherin oder einen Forscher, die/der die operative Leitung des Labors übernimmt und eng mit der Principal Investigator zusammenarbeitet. Sie/Er wird die Forschungsprojekte des Labors über beide Förderungen hinweg betreuen – Zeitpläne, Meilensteine und Ergebnisse – als primäre Kontaktperson für kooperierende Kohorten, klinische Partner und deren PIs fungieren, Projektbudgets, Beschaffung und Berichterstattung an die Geldgeber verwalten sowie das technische Personal des Labors beaufsichtigen. In dieser Rolle gestalten Sie den Betrieb und das Wachstum der Gruppe mit und sind zentrale Ansprechperson für das Team und seine Partner.
Neben diesen Aufgaben bleiben Sie wissenschaftlich aktiv: Sie tragen zu den Forschungsprojekten des Labors bei, koordinieren und co-verfassen Manuskripte und vertreten das Labor auf Konferenzen. Sie sind Teil eines kollaborativen Forschungsumfelds mit enger Zusammenarbeit mit dem Basel Research Centre for Child Health (BRCCH), dem Universitäts-Kinderspital Basel (UKBB) und dem Swiss Tropical and Public Health Institute (Swiss TPH).
Im Einklang mit unseren und den Werten der Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) verpflichten wir uns, eine inklusive Kultur zu fördern, Chancengleichheit zu gewährleisten und Vielfalt sowie Respekt in unserer Arbeits- und Lernumgebung zu schätzen.
Ihre Hauptaufgaben umfassen:
Neben diesen Aufgaben bleiben Sie wissenschaftlich aktiv: Sie tragen zu den Forschungsprojekten des Labors bei, koordinieren und co-verfassen Manuskripte und vertreten das Labor auf Konferenzen. Sie sind Teil eines kollaborativen Forschungsumfelds mit enger Zusammenarbeit mit dem Basel Research Centre for Child Health (BRCCH), dem Universitäts-Kinderspital Basel (UKBB) und dem Swiss Tropical and Public Health Institute (Swiss TPH).
Im Einklang mit unseren und den Werten der Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) verpflichten wir uns, eine inklusive Kultur zu fördern, Chancengleichheit zu gewährleisten und Vielfalt sowie Respekt in unserer Arbeits- und Lernumgebung zu schätzen.
Ihre Hauptaufgaben umfassen:
- Überwachung der Forschungsprojekte des Labors: Verwaltung von Zeitplänen, Meilensteinen und Ergebnissen über die ERC- und SNSF-Förderungen hinweg sowie Vorbereitung wissenschaftlicher und finanzieller Berichte für die Geldgeber
- Verwaltung von Projektbudgets, Beschaffung und Verträgen, einschließlich Unteraufträgen und Dienstleistungsvereinbarungen, in Zusammenarbeit mit der Verwaltung des Departments
- Koordination der Zusammenarbeit mit Partnerkohorten, klinischen Partnern und deren PIs: Organisation von Konsortiumstreffen und Standortbesuchen sowie Aufrechterhaltung eines regelmässigen Informationsflusses zwischen Basel und den Partnerstandorten
- Überwachung von Daten- und Materialübertragungsvereinbarungen, Ethikgenehmigungen und Einhaltung der Daten-Governance-Anforderungen in Zusammenarbeit mit dem Datenmanager/Bioinformatik-Techniker des Labors sowie den Rechts- und Forschungsstellen der Universität Basel
- Betreuung des Datenmanagers/Bioinformatik-Technikers des Labors und Überwachung der Pipeline, die analysebereite Datensätze für das Modellierungsteam liefert
- Beitrag zu den Forschungsprojekten des Labors sowie Koordination und Co-Autorenschaft von Manuskripten innerhalb des Teams und mit Partnern
- Beitrag zu Lehre und Betreuung von Doktoranden und Masterstudierenden
- Vertretung des Labors auf wissenschaftlichen Konferenzen und Unterstützung bei Folgeanträgen
Ihr Profil
Erforderlich:
Wünschenswert:
- Promotion in Computational Biology, Bioinformatik, Epidemiologie oder einem verwandten quantitativen Fachgebiet mit postdoktoraler Erfahrung
- Erfahrung in der Arbeit in kollaborativen, multi-partner Forschungsprojekten, idealerweise mit klinischen oder Kohortendaten
- Starke organisatorische Fähigkeiten und nachweisliche Erfolge bei der Durchführung von Forschungsprojekten und Publikationen
- Kenntnisse in wissenschaftlicher Programmierung (z. B. R oder Python) und Erfahrung in der Analyse biomedizinischer Daten
- Ausgezeichnete schriftliche und mündliche Englischkenntnisse sowie die Fähigkeit, effektiv mit Wissenschaftlern, Klinikern und administrativen Partnern zu kommunizieren
Wünschenswert:
- Erfahrung mit Datenübertragungsvereinbarungen, Ethikanträgen oder Datenschutzprozessen
- Erfahrung mit Projektbudgets, Verträgen oder Berichterstattung an Geldgeber
- Vertrautheit mit Mikrobiom-, immunologischen oder Multi-Omics-Daten und/oder mit Kohortenstudien
- Erfahrung in der Betreuung von technischem oder wissenschaftlichem Personal
- Deutschkenntnisse sind von Vorteil, aber nicht erforderlich
Wir bieten Ihnen
- Eine zentrale Rolle beim Ausbau einer Forschungsgruppe, die durch zwei grosse Starting Grants finanziert wird, mit einem Fünfjahresvertrag und Verlängerungsmöglichkeit
- Eine wissenschaftlich aktive Position mit Co-Autorenschaft an Publikationen und Unterstützung bei der Konferenzteilnahme
- Ein anregendes, interdisziplinäres Umfeld an der Schnittstelle von Computerwissenschaft und pädiatrischer Gesundheit, eingebettet in das Life-Sciences-Ökosystem Basels
- Enge Zusammenarbeit mit klinischen, epidemiologischen und experimentellen Partnern auf mehreren Kontinenten
- Eine dynamische und unterstützende Teamkultur, die Vielfalt und Inklusion schätzt
- Gehalt und Sozialleistungen gemäss den Bestimmungen der Universität Basel
Wichtige Referenzen
B. Tepekule, A.I. Lim, und C.J.E. Metcalf, "The ontogeny of immune tolerance: a model of early-life secretory IgA - gut microbiome interactions", PLoS Biology, 2025.
Link: https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3003263
B. Tepekule, J. Bergadà-Pijuan, T. Scheier, H. F. Günthard, M. Hilthy, R. D. Kouyos, S. Brugger, "Computational and in vitro evaluation of probiotic treatments for nasal Staphylococcus aureus decolonization", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2025.
Link: https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2412742122
B. Tepekule, P. Abel Zur Wiesch, R. Kouyos, S. Bonhoeffer, "Quantifying the impact of treatment history on plasmid-mediated resistance evolution in human gut microbiota", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2019.
Link: https://www.pnas.org/content/116/46/23106
Bewerbung / Kontakt
Die Stelle ist ab 1. Juni 2027 oder später nach Vereinbarung verfügbar. Der Vertrag ist zunächst auf fünf Jahre befristet, mit der Möglichkeit einer Verlängerung. Die Prüfung der Bewerbungen beginnt sofort und dauert an, bis die Stelle besetzt ist. Bitte reichen Sie Ihre Bewerbung über das Recruiting-Portal der Universität Basel ein und fügen Sie folgende Unterlagen bei: (A) ein Motivationsschreiben mit Beschreibung Ihrer Erfahrung, (B) einen vollständigen Lebenslauf inklusive Publikationsliste, (C) Kontaktdaten von mindestens zwei Referenzen, die auf Anfrage Empfehlungsschreiben ausstellen.
Für informelle Anfragen zur Stelle wenden Sie sich bitte an Prof. Dr. Burcu Tepekule (burcu.tepekule@unibas.ch).
Die Universität Basel ist ein Arbeitgeber, der Chancengleichheit und Familienfreundlichkeit fördert und sich durch Vielfalt zur Exzellenz verpflichtet. Wir freuen uns auf Ihre vollständige Online-Bewerbung.
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