Universität Basel
Basel
Daten- und Computertechniker (50%)
- 16 September 2026
- 50%
- 4000 Basel
Über den Job
Ab 1. Juni 2027 oder nach Vereinbarung | zunächst befristet auf 4 Jahre mit Verlängerungsmöglichkeit
Das Department für Biomedizinische Technik ist Teil der Medizinischen Fakultät der Universität Basel. Es trägt durch innovative biomedizinische Forschung und technische Lösungen zu einer besseren Zukunft bei, indem es Grundlagenwissenschaften in medizinisches Wissen und Innovationen im Gesundheitswesen übersetzt.
Das Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) sucht eine/n Daten- und Computertechniker/in zur Erstellung und Pflege der Daten- und Computerinfrastruktur einer wachsenden Forschungsgruppe. Unsere Mission ist es zu verstehen, wie frühkindliche Expositionen gegenüber dem Mikrobiom die lebenslange Gesundheit durch ihre Auswirkungen auf das sich entwickelnde Immunsystem prägen. Wir entwickeln mathematische Modelle der gemeinsamen Entwicklung von Mikrobiom und Immunsystem, um zu quantifizieren, wie frühkindliche Störungen des Mikrobioms antimikrobielle Resistenz, Infektionsdynamiken und nicht übertragbare Krankheiten beeinflussen, mit dem Ziel, unsere Erkenntnisse in umsetzbare Strategien für die pädiatrische Versorgung zu übersetzen. Unsere Arbeit kombiniert statistische und mechanistische mathematische Modellierung, kausale Inferenz und maschinelles Lernen, angewandt auf longitudinale Multi-Omics-Daten aus pädiatrischen Kohorten mit unterschiedlichen sozioökonomischen und geografischen Hintergründen.
Unser Labor wird ab 2027 durch zwei grosse Förderungen unterstützt: RESILIENT (ERC Starting Grant), das bestehende longitudinale Multi-Omics-Daten aus mehreren pädiatrischen Kohorten in Afrika, Asien und Europa zusammenführt, und Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant), das neue klinische Multi-Omics-Daten von pädiatrischen Patient/innen generiert. Diese Daten stammen aus verschiedenen Ländern, Sequenzierplattformen und klinischen Metadatenformaten und unterliegen Datenübertragungsvereinbarungen sowie Datenschutzanforderungen. Die Umwandlung dieser Daten in sichere, gut dokumentierte, analysebereite Datensätze sowie die Bereitstellung der Rechenumgebung, in der das Team sie analysiert, sind Kernaufgaben dieser Position.
Das Department für Biomedizinische Technik ist Teil der Medizinischen Fakultät der Universität Basel. Es trägt durch innovative biomedizinische Forschung und technische Lösungen zu einer besseren Zukunft bei, indem es Grundlagenwissenschaften in medizinisches Wissen und Innovationen im Gesundheitswesen übersetzt.
Das Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) sucht eine/n Daten- und Computertechniker/in zur Erstellung und Pflege der Daten- und Computerinfrastruktur einer wachsenden Forschungsgruppe. Unsere Mission ist es zu verstehen, wie frühkindliche Expositionen gegenüber dem Mikrobiom die lebenslange Gesundheit durch ihre Auswirkungen auf das sich entwickelnde Immunsystem prägen. Wir entwickeln mathematische Modelle der gemeinsamen Entwicklung von Mikrobiom und Immunsystem, um zu quantifizieren, wie frühkindliche Störungen des Mikrobioms antimikrobielle Resistenz, Infektionsdynamiken und nicht übertragbare Krankheiten beeinflussen, mit dem Ziel, unsere Erkenntnisse in umsetzbare Strategien für die pädiatrische Versorgung zu übersetzen. Unsere Arbeit kombiniert statistische und mechanistische mathematische Modellierung, kausale Inferenz und maschinelles Lernen, angewandt auf longitudinale Multi-Omics-Daten aus pädiatrischen Kohorten mit unterschiedlichen sozioökonomischen und geografischen Hintergründen.
Unser Labor wird ab 2027 durch zwei grosse Förderungen unterstützt: RESILIENT (ERC Starting Grant), das bestehende longitudinale Multi-Omics-Daten aus mehreren pädiatrischen Kohorten in Afrika, Asien und Europa zusammenführt, und Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant), das neue klinische Multi-Omics-Daten von pädiatrischen Patient/innen generiert. Diese Daten stammen aus verschiedenen Ländern, Sequenzierplattformen und klinischen Metadatenformaten und unterliegen Datenübertragungsvereinbarungen sowie Datenschutzanforderungen. Die Umwandlung dieser Daten in sichere, gut dokumentierte, analysebereite Datensätze sowie die Bereitstellung der Rechenumgebung, in der das Team sie analysiert, sind Kernaufgaben dieser Position.
Ihre Position
Sie sind verantwortlich für die Forschungsdaten und die rechnerische Infrastruktur des Labors: wie Daten ins Labor gelangen, wie sie gespeichert, dokumentiert und harmonisiert werden und wie die Analysen des Teams auf den Hochleistungsrechnern ausgeführt werden. Sie arbeiten eng mit der Senior Scientist des Labors zusammen, die die Datenfreigabevereinbarungen mit unseren Partnern überwacht, sowie mit der/dem PI, Postdocs und Doktorand/innen, die die Daten analysieren. Ihre Arbeit stellt sicher, dass jeder Datensatz, der ins Labor gelangt, sicher, qualitätskontrolliert und analysebereit ist und dass die Rechenumgebung zuverlässig und reproduzierbar ist.
Im Einklang mit unseren und den Werten der Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) verpflichten wir uns, eine inklusive Kultur zu fördern, Chancengleichheit zu gewährleisten sowie Vielfalt und Respekt in unserer Arbeits- und Lernumgebung zu schätzen.
Ihre Hauptaufgaben umfassen:
Im Einklang mit unseren und den Werten der Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) verpflichten wir uns, eine inklusive Kultur zu fördern, Chancengleichheit zu gewährleisten sowie Vielfalt und Respekt in unserer Arbeits- und Lernumgebung zu schätzen.
Ihre Hauptaufgaben umfassen:
- Datenmanagement und Governance: Pflege der Datenmanagementpläne des Labors; Umsetzung von sicherer Speicherung, Zugriffskontrolle und Pseudonymisierung in Übereinstimmung mit Datenübertragungsvereinbarungen, Ethikgenehmigungen sowie Schweizer und EU-Datenschutzanforderungen; Organisation des sicheren Empfangs und Transfers von Daten mit Partnerkohorten
- Forschungsrechnen: Verwaltung der Rechen- und Speicherressourcen des Labors auf der Hochleistungsrechnerinfrastruktur der Universität Basel (sciCORE), Pflege von Softwareumgebungen und gemeinsamen Werkzeugen sowie Bereitstellung von First-Level-IT-Support für das Team
- Erstellung und Pflege reproduzierbarer Datenverarbeitungspipelines (z. B. Snakemake oder Nextflow, Container, Versionskontrolle)
- Datenharmonisierung: Standardisierung klinischer Metadaten über Kohorten mit unterschiedlichen Datenerhebungsprotokollen hinweg und Aufbau eines gemeinsamen Datenwörterbuchs
- Verarbeitung von Sequenzierungsdaten: Qualitätskontrolle und taxonomische Klassifikation von 16S- und Shotgun-Metagenomdaten sowie Verarbeitung weiterer Omics-Ebenen bei Bedarf
- Erstellung und Versionierung analysebereiter Datensätze für das Modellierungsteam mit klarer Dokumentation und Nachverfolgung der Herkunft
- Dokumentation von Daten und Workflows sowie Unterstützung der Teammitglieder beim Datenzugang und bei Best Practices
Ihr Profil
Erforderlich:
Wünschenswert:
- Abschluss (BSc oder MSc) in Bioinformatik, Informatik, Data Science oder einem verwandten Fachgebiet oder gleichwertige Berufserfahrung
- Fundierte Erfahrung mit Linux, Git, Hochleistungsrechnerumgebungen und Skripting in Python und/oder R
- Erfahrung in der Verarbeitung von Sequenzierungsdaten, insbesondere Mikrobiomdaten (16S oder Shotgun-Metagenomik)
- Erfahrung mit Datenmanagementpraktiken: Dokumentation, Versionierung, Qualitätskontrolle und strukturierte Datenformate oder Datenbanken
- Ausgezeichnete schriftliche und mündliche Englischkenntnisse sowie die Fähigkeit, effektiv mit Wissenschaftler/innen zu kommunizieren
Wünschenswert:
- Erfahrung mit Workflow-Managern (Snakemake, Nextflow), Containern (Docker, Singularity/Apptainer)
- Vertrautheit mit Datenschutzanforderungen für Gesundheitsdaten (z. B. DSGVO, Schweizer Humanforschungsgesetz) sowie mit Pseudonymisierung oder sicheren Datenübertragungsverfahren
- Erfahrung mit klinischen oder Kohortenstudien-Daten und Metadatenstandards
- Deutschkenntnisse sind von Vorteil, aber nicht erforderlich
Wir bieten Ihnen
- Eine Schlüsselrolle in der technischen Erweiterung einer Forschungsgruppe, die durch zwei grosse Starting Grants finanziert wird, mit einem vierjährigen Vertrag und Verlängerungsmöglichkeit
- Arbeit mit einzigartigen longitudinalen Datensätzen internationaler pädiatrischer Kohorten
- Ein anregendes, interdisziplinäres Umfeld an der Schnittstelle von Computerwissenschaften und pädiatrischer Gesundheit, eingebettet im Life-Sciences-Ökosystem Basels
- Enge Zusammenarbeit mit dem wissenschaftlichen Rechenzentrum der Universität Basel (sciCORE) sowie mit klinischen und akademischen Partnern
- Eine dynamische und unterstützende Teamkultur, die Vielfalt und Inklusion schätzt
- Gehalt und Sozialleistungen gemäss den Bestimmungen der Universität Basel
Wichtige Referenzen
B. Tepekule, A.I. Lim, und C.J.E. Metcalf, "The ontogeny of immune tolerance: a model of early-life secretory IgA - gut microbiome interactions", PLoS Biology, 2025.
Link: https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3003263
B. Tepekule, J. Bergadà-Pijuan, T. Scheier, H. F. Günthard, M. Hilthy, R. D. Kouyos, S. Brugger, "Computational and in vitro evaluation of probiotic treatments for nasal Staphylococcus aureus decolonization", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2025.
Link: https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2412742122
B. Tepekule, P. Abel Zur Wiesch, R. Kouyos, S. Bonhoeffer, "Quantifying the impact of treatment history on plasmid-mediated resistance evolution in human gut microbiota", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2019.
Link: https://www.pnas.org/content/116/46/23106
Bewerbung / Kontakt
Die Stelle ist ab 1. Juni 2027 oder später nach Vereinbarung verfügbar. Der Vertrag ist zunächst auf vier Jahre befristet, mit der Möglichkeit einer Verlängerung. Die Prüfung der Bewerbungen beginnt sofort und dauert an, bis die Stelle besetzt ist. Bitte reichen Sie Ihre Bewerbung über das Recruiting-Portal der Universität Basel ein und fügen Sie folgende Unterlagen bei: (A) ein Motivationsschreiben mit relevanter Erfahrung, (B) einen vollständigen Lebenslauf, (C) Kontaktdaten von mindestens zwei Referenzen, die auf Anfrage Empfehlungsschreiben ausstellen.
Für informelle Anfragen zur Stelle wenden Sie sich bitte an Prof. Dr. Burcu Tepekule (burcu.tepekule@unibas.ch) .
Die Universität Basel ist ein Arbeitgeber, der Chancengleichheit und Familienfreundlichkeit fördert und sich durch Vielfalt zur Exzellenz verpflichtet.
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4000 Basel
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