Poste de doctorant (4 ans) : ADN environnemental (eDNA) comme traceur des processus hydrologiques dans les bassins versants dominés par la neige et la glace à 100 %
Universität Bern
Bern
Infos sur l'emploi
- Date de publication :18 septembre 2025
- Taux d'activité :100%
- Lieu de travail :Bern
Résumé de l'emploi
Intégrez le groupe d'hydrologie à l'Institut de géographie de l'Université de Berne. Participez à une recherche innovante sur l'eDNA.
Tâches
- Mener des recherches interdisciplinaires sur les traceurs dérivés de l'ADN.
- Effectuer des études de terrain dans les Alpes suisses et les Cascades.
- Gérer l'analyse en laboratoire des échantillons d'eDNA et d'isotopes.
Compétences
- Diplôme de master en hydrologie, biologie ou discipline connexe.
- Compétences en bioinformatique et analyse de données hydrologiques.
- Excellente maîtrise de l'anglais écrit et parlé.
Est-ce utile ?
Au sein du groupe d'hydrologie de l'Institut de géographie, Université de Berne
Date de début : janvier 2026
Vous ferez partie du projet de recherche bilatéral « Hydrologie à partir des gènes : que nous dit l'eDNA sur les contributions de la fonte ? » dirigé par le Dr Natalie Ceperley. Le projet étudie les contributions des cours d'eau et les chemins d'écoulement dans des bassins versants dominés par la neige et la glace dans les Cascades de l'Oregon (États-Unis) et les Alpes suisses. En combinant des traceurs traditionnels avec des données d'ADN environnemental (eDNA) naturellement présentes, nous réaliserons une analyse détaillée des transitions hydrologiques, telles que les changements saisonniers. Ce projet effectuera des prélèvements d'eDNA dans quatre bassins versants, où une analyse métagénomique non ciblée sera réalisée sur des échantillons de débits de bassin versant et de sources d'eau à travers le bassin afin d'identifier les gènes individuels présents dans les échantillons d'eau. Dans les dernières années du projet, le doctorant participera également à des ateliers de sensibilisation en Suisse et en Oregon.
Le projet relie des partenaires de recherche à travers les continents (collaboration avec le Dr Stephen Good du Département de génie biologique et écologique de l'Oregon State University et le Dr Byron Crump du College of Earth, Ocean, and Atmospheric Sciences). Vous serez basé au groupe d'hydrologie, Institut de géographie, Université de Berne, et pleinement intégré au groupe d'hydrologie plus large dirigé par la Prof. Dr Bettina Schaefli, couvrant la modélisation hydrologique, l'apprentissage automatique dirigé par le Dr Pascal Horton, et la recherche basée sur les processus dirigée par le Dr Natalie Ceperley, qui supervisera votre doctorat. Le séquençage aura lieu à la plateforme de séquençage de nouvelle génération de l'École vétérinaire de l'Université de Berne, suivi d'un soutien bioinformatique de l'Unité bioinformatique interfacultaire.
Tâches
• Mener des recherches interdisciplinaires en hydrologie avec un accent méthodologique sur l'établissement de traceurs dérivés de l'ADN comme outils fiables pour comprendre l'écoulement et le stockage de l'eau dans les bassins influencés par la neige et la glace, aboutissant à des publications dans des revues scientifiques à comité de lecture
• Réaliser des recherches de terrain approfondies en environnements alpins pendant de longues périodes sur deux saisons de terrain (juin – septembre) à la fois dans les montagnes Cascade, Oregon, USA, et dans les Alpes suisses
• Gérer l'analyse en laboratoire des échantillons de terrain pour l'eDNA, les isotopes stables et les géochimiques avec soutien
• Collaborer avec un doctorant parallèle à l'Oregon State University à Corvallis, OR, USA, des assistants étudiants à Berne, ainsi que des spécialistes de la sensibilisation et de la pédagogie
Exigences
• Diplôme de master complété en hydrologie, biologie, sciences de l'environnement, ingénierie ou discipline apparentée
• Expérience et formation en bioinformatique et analyse de données hydrologiques avec Matlab, Python ou R
• Forte motivation et niveau correspondant d'auto-organisation pour effectuer des travaux de terrain en environnements alpins et enthousiasme pour voyager à l'international pendant les saisons de terrain (USA et Suisse)
• Intérêt pour le travail en laboratoire nécessaire à l'extraction et à l'analyse de l'eDNA et des variables hydrologiques en parallèle, isotopes stables de l'eau et géochimie
• Excellente maîtrise écrite et orale de l'anglais
Nous offrons
Veuillez envoyer votre candidature en anglais en un seul PDF comprenant une lettre de motivation, un CV, les noms et adresses e-mail de 2 références académiques, des copies des diplômes et suppléments de diplôme, ainsi qu'un court exemple d'écriture (par exemple un chapitre de mémoire de master ou un article) à Natalie Ceperley (natalie.ceperley@unibe.ch). Veuillez contacter Natalie Ceperley (natalie.ceperley@unibe.ch) pour toute question scientifique.
Date limite de candidature : 1er novembre 2025
