SIB Institut Suisse de Bioinformatique
Basel
Hier
Développeur logiciel senior
- 11 février 2026
- 100%
- Durée indéterminée
- Basel
Résumé de l'emploi
L'Institut SIB de bioinformatique en Suisse est une organisation à but non lucratif. Une opportunité passionnante de contribuer à des projets innovants vous attend !
Tâches
- Contribuer à la conception d'ontologies et de modèles de données.
- Développer des services de données sémantiques avec optimisation SPARQL.
- Collaborer avec des cliniciens pour des solutions techniques robustes.
Compétences
- Master en informatique ou bioinformatique et 5 ans d'expérience.
- Expertise en technologies du Web sémantique.
- Compétences solides en développement Python.
Est-ce utile ?
À propos de cette offre
L’Institut Suisse de Bioinformatique (SIB) est une organisation à but non lucratif reconnue internationalement, dédiée à la science des données biologiques et biomédicales. Ses data scientists sont passionnés par la création de connaissances et la résolution de questions complexes dans de nombreux domaines, de la biodiversité et l’évolution à la médecine. Ils fournissent des bases de données essentielles et des plateformes logicielles ainsi qu’une expertise et des services en bioinformatique aux groupes académiques, cliniques et industriels. Le SIB fédère la communauté suisse de bioinformatique composée d’environ 900 scientifiques, encourageant la collaboration et le partage des connaissances. L’Institut contribue à maintenir la Suisse à la pointe de l’innovation en favorisant le progrès dans la recherche biologique et en améliorant la santé.
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Pour renforcer notre équipe à Bâle, en Suisse, nous recherchons un
Développeur logiciel senior
Tâches du poste
À propos de nous
Le Swiss Personalized Health Network (SPHN) est un réseau national mandaté par le Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) pour permettre la réutilisation sécurisée des données de santé à des fins de recherche et d’innovation. Sa mission est de garantir que les informations cliniques collectées dans les hôpitaux suisses puissent être FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables) et comparables entre les institutions.
Le SPHN favorise l’interopérabilité à deux niveaux complémentaires :
Pour renforcer sa couche sémantique, le SPHN recherche un développeur logiciel senior avec une forte expertise en technologies du Web sémantique, notamment SPARQL, et une solide compréhension des infrastructures et architectures de pipelines de données. Le candidat retenu contribuera à la conception et à la mise en œuvre de solutions mettant en pratique l’interopérabilité sémantique dans l’écosystème suisse des données de santé.
Le Swiss Personalized Health Network (SPHN) est un réseau national mandaté par le Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) pour permettre la réutilisation sécurisée des données de santé à des fins de recherche et d’innovation. Sa mission est de garantir que les informations cliniques collectées dans les hôpitaux suisses puissent être FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables) et comparables entre les institutions.
Le SPHN favorise l’interopérabilité à deux niveaux complémentaires :
- Interopérabilité sémantique via des modèles de données communs, ontologies et terminologies, permettant de lier, interroger et comprendre les données de santé de manière cohérente entre les institutions.
- Interopérabilité computationnelle via BioMedIT, une infrastructure informatique fédérée sécurisée connectant les hôpitaux et instituts de recherche suisses, fournissant des environnements de confiance pour le transfert, le stockage et l’analyse des données en préservant la confidentialité.
Pour renforcer sa couche sémantique, le SPHN recherche un développeur logiciel senior avec une forte expertise en technologies du Web sémantique, notamment SPARQL, et une solide compréhension des infrastructures et architectures de pipelines de données. Le candidat retenu contribuera à la conception et à la mise en œuvre de solutions mettant en pratique l’interopérabilité sémantique dans l’écosystème suisse des données de santé.
Responsabilités/Tâches
- Contribuer à la conception et à la mise en œuvre d’ontologies, de modèles de données et d’API supportant l’interopérabilité sémantique des données de santé.
- Développer et maintenir des services de données sémantiques, en mettant l’accent sur l’optimisation des requêtes SPARQL et l’intégration avec des bases de données RDF (par exemple, GraphDB, Virtuoso).
- Créer des outils et des workflows soutenant l’alignement des jeux de données de santé avec les standards internationaux d’informatique médicale (FHIR, SNOMED CT, LOINC, HealthDCAT).
- Collaborer avec des cliniciens, chercheurs et spécialistes IT pour traduire les exigences d’interopérabilité sémantique en solutions techniques robustes.
- Diriger le développement et la mise en œuvre sur site des ETL et logiciels tels que le SPHN Connector et Einstein, permettant une exploration sécurisée et standardisée des données à travers la Suisse.
Profil requis
Formation et expérience
- Diplôme minimum de Master en informatique, génie logiciel, bioinformatique ou domaine connexe et cinq ans d’expérience en développement logiciel ou projets d’infrastructures de données, ou expérience équivalente et complémentaire dans un domaine pertinent.
Compétences techniques
- Expertise solide en technologies du Web sémantique (RDF, SPARQL, SHACL).
- Expérience pratique avec des bases de données triple stores (ex. Virtuoso, GraphDB, Jena Fuseki, Stardog).
- Compétences solides en développement Python, idéalement avec des frameworks tels que FastAPI ou Django/Flask, et familiarité avec les bibliothèques de traitement de données.
- Bonne compréhension des architectures logicielles, idéalement avec une exposition aux infrastructures cloud et HPC ; expérience avec OpenStack.
- Expérience en développement agile, contrôle de version (Git) et pipelines CI/CD pour tests et déploiement automatisés.
Atouts
- Familiarité avec les standards d’informatique médicale (HL7 FHIR, SNOMED CT, LOINC) est un avantage.
- Expérience pratique avec les technologies de conteneurisation (Docker, Singularity ou Kubernetes) est un plus.
Compétences comportementales
- Autonome avec capacité à travailler indépendamment ainsi qu’en équipe.
- Solides compétences en résolution de problèmes et en analyse, souci du détail.
- Capacité à travailler dans un environnement agile.
- Excellentes capacités de communication et de travail en équipe.
- Maîtrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit. Le français, l’allemand ou l’italien est un plus.
- Envie d’apprendre de nouvelles technologies.
Comment postuler
Si ce poste stimulant et très intéressant vous intéresse, veuillez soumettre votre candidature incluant CV et lettre de motivation via notre portail en ligne en cliquant sur le bouton "Postuler".
La date limite de candidature est le 9 mars 2026.
