Universität Basel
Basel
Technicien en données et informatique (50 %)
- 16 septembre 2026
- 50%
- 4000 Basel
À propos de cette offre
À partir du 1er juin 2027, ou selon accord | initialement à durée déterminée de 4 ans, avec possibilité de prolongation
Le Département de génie biomédical fait partie de la Faculté de médecine de l'Université de Bâle. Il contribue à un avenir meilleur en répondant aux besoins des soins de santé grâce à une recherche biomédicale innovante et des solutions d'ingénierie, traduisant la science fondamentale en connaissances médicales et innovations en soins de santé.
Le Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) recherche un technicien en données et informatique pour construire et maintenir l'infrastructure de données et informatique d'un groupe de recherche en pleine croissance. Notre mission est de comprendre comment les expositions précoces au microbiome influencent la santé tout au long de la vie via leur impact sur le système immunitaire en développement. Nous développons des modèles mathématiques du co-développement microbiome-immunité pour quantifier comment les perturbations précoces du microbiome influencent la résistance antimicrobienne, la dynamique des maladies infectieuses et les maladies non transmissibles, dans le but de traduire nos connaissances en stratégies concrètes pour les soins pédiatriques. Notre travail combine modélisation mathématique statistique et mécaniste, inférence causale et apprentissage automatique, appliqués à des données multi-omiques longitudinales issues de cohortes pédiatriques couvrant divers contextes socio-économiques et géographiques.
Notre laboratoire sera soutenu par deux subventions majeures à partir de 2027 : RESILIENT (ERC Starting Grant), qui synthétise des données multi-omiques longitudinales existantes de plusieurs cohortes pédiatriques en Afrique, en Asie et en Europe, et Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant), qui génère de nouvelles données cliniques multi-omiques de patients pédiatriques. Ces données proviennent de différents pays, plateformes de séquençage et formats de métadonnées cliniques, et sont soumises à des accords de transfert de données et exigences de protection des données. Les transformer en ensembles de données sécurisés, bien documentés et prêts à l'analyse, et fournir l'environnement informatique dans lequel l'équipe les analyse, constitue le cœur de ce poste.
Le Département de génie biomédical fait partie de la Faculté de médecine de l'Université de Bâle. Il contribue à un avenir meilleur en répondant aux besoins des soins de santé grâce à une recherche biomédicale innovante et des solutions d'ingénierie, traduisant la science fondamentale en connaissances médicales et innovations en soins de santé.
Le Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) recherche un technicien en données et informatique pour construire et maintenir l'infrastructure de données et informatique d'un groupe de recherche en pleine croissance. Notre mission est de comprendre comment les expositions précoces au microbiome influencent la santé tout au long de la vie via leur impact sur le système immunitaire en développement. Nous développons des modèles mathématiques du co-développement microbiome-immunité pour quantifier comment les perturbations précoces du microbiome influencent la résistance antimicrobienne, la dynamique des maladies infectieuses et les maladies non transmissibles, dans le but de traduire nos connaissances en stratégies concrètes pour les soins pédiatriques. Notre travail combine modélisation mathématique statistique et mécaniste, inférence causale et apprentissage automatique, appliqués à des données multi-omiques longitudinales issues de cohortes pédiatriques couvrant divers contextes socio-économiques et géographiques.
Notre laboratoire sera soutenu par deux subventions majeures à partir de 2027 : RESILIENT (ERC Starting Grant), qui synthétise des données multi-omiques longitudinales existantes de plusieurs cohortes pédiatriques en Afrique, en Asie et en Europe, et Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant), qui génère de nouvelles données cliniques multi-omiques de patients pédiatriques. Ces données proviennent de différents pays, plateformes de séquençage et formats de métadonnées cliniques, et sont soumises à des accords de transfert de données et exigences de protection des données. Les transformer en ensembles de données sécurisés, bien documentés et prêts à l'analyse, et fournir l'environnement informatique dans lequel l'équipe les analyse, constitue le cœur de ce poste.
Votre poste
Vous serez responsable des données de recherche et de l'infrastructure informatique du laboratoire : comment les données entrent dans le laboratoire, comment elles sont stockées, documentées et harmonisées, et comment les analyses de l'équipe s'exécutent sur les ressources de calcul haute performance. Vous travaillerez en étroite collaboration avec le scientifique senior du laboratoire, qui supervise les accords de partage de données avec nos partenaires, ainsi qu'avec le PI, les postdocs et les doctorants qui analysent les données. Votre travail garantit que chaque ensemble de données entrant dans le laboratoire est sécurisé, contrôlé en qualité et prêt à l'analyse, et que l'environnement informatique est fiable et reproductible.
Conformément à nos valeurs et à celles de l'Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) , nous nous engageons à soutenir et promouvoir une culture inclusive, assurer l'égalité des chances et valoriser la diversité et le respect dans notre environnement de travail et d'apprentissage.
Vos principales tâches incluront :
Conformément à nos valeurs et à celles de l'Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) , nous nous engageons à soutenir et promouvoir une culture inclusive, assurer l'égalité des chances et valoriser la diversité et le respect dans notre environnement de travail et d'apprentissage.
Vos principales tâches incluront :
- Gestion et gouvernance des données : maintien des plans de gestion des données du laboratoire ; mise en œuvre d'un stockage sécurisé, contrôle d'accès et pseudonymisation conformément aux accords de transfert de données, aux approbations éthiques et aux exigences suisses et européennes en matière de protection des données ; organisation de la réception et du transfert sécurisés des données avec les cohortes partenaires
- Informatique de recherche : gestion des ressources de calcul et de stockage du laboratoire sur l'infrastructure de calcul haute performance de l'Université de Bâle (sciCORE), maintien des environnements logiciels et des outils partagés, et fourniture d'un support informatique de premier niveau à l'équipe
- Construction et maintenance de pipelines de traitement de données reproductibles (par exemple, Snakemake ou Nextflow, conteneurs, contrôle de version)
- Harmonisation des données : standardisation des métadonnées cliniques entre cohortes avec différents protocoles de collecte de données, et construction d'un dictionnaire de données commun
- Traitement des données de séquençage : contrôle qualité et classification taxonomique des données métagénomiques 16S et shotgun, et traitement d'autres couches omiques si nécessaire
- Création et versionnage d'ensembles de données prêts à l'analyse pour l'équipe de modélisation, avec documentation claire et suivi de la provenance
- Documentation des données et des workflows, et soutien aux membres de l'équipe pour l'accès aux données et les bonnes pratiques
Votre profil
Essentiel :
Souhaitable :
- Diplôme (BSc ou MSc) en bioinformatique, informatique, science des données ou domaine connexe, ou expérience professionnelle équivalente
- Expérience solide avec Linux, Git, environnements de calcul haute performance, et scripting en Python et/ou R
- Expérience dans le traitement des données de séquençage, en particulier des données microbiome (16S ou métagénomique shotgun)
- Expérience des pratiques de gestion des données : documentation, versionnage, contrôle qualité et formats de données structurés ou bases de données
- Excellente maîtrise de l'anglais écrit et parlé, et capacité à communiquer efficacement avec des scientifiques
Souhaitable :
- Expérience avec des gestionnaires de workflows (Snakemake, Nextflow), conteneurs (Docker, Singularity/Apptainer)
- Familiarité avec les exigences de protection des données de santé (par ex. RGPD, Loi suisse sur la recherche sur l'être humain) et avec les procédures de pseudonymisation ou de transfert sécurisé des données
- Expérience avec les données cliniques ou de cohortes et les standards de métadonnées
- La connaissance de l'allemand est un atout mais non obligatoire
Nous vous offrons
- Un rôle technique clé dans l'expansion d'un groupe de recherche financé par deux subventions majeures de démarrage, avec un contrat de quatre ans et possibilité de prolongation
- Travail avec des ensembles de données longitudinales uniques provenant de cohortes pédiatriques internationales
- Un environnement stimulant et interdisciplinaire à l'intersection des sciences computationnelles et de la santé pédiatrique, intégré à l'écosystème des sciences de la vie de Bâle
- Collaboration étroite avec le centre de calcul scientifique de l'Université de Bâle (sciCORE) et avec des partenaires cliniques et académiques
- Une culture d'équipe dynamique et solidaire qui valorise la diversité et l'inclusion
- Salaire et avantages sociaux selon les règlements de l'Université de Bâle
Références clés
B. Tepekule, A.I. Lim, et C.J.E. Metcalf, "The ontogeny of immune tolerance: a model of early-life secretory IgA - gut microbiome interactions", PLoS Biology, 2025.
Lien : https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3003263
B. Tepekule, J. Bergadà-Pijuan, T. Scheier, H. F. Günthard, M. Hilthy, R. D. Kouyos, S. Brugger, "Computational and in vitro evaluation of probiotic treatments for nasal Staphylococcus aureus decolonization", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2025.
Lien : https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2412742122
B. Tepekule, P. Abel Zur Wiesch, R. Kouyos, S. Bonhoeffer, "Quantifying the impact of treatment history on plasmid-mediated resistance evolution in human gut microbiota", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2019.
Lien : https://www.pnas.org/content/116/46/23106
Candidature / Contact
Le poste est disponible à partir du 1er juin 2027, ou plus tard selon accord mutuel. Le contrat est initialement limité à quatre ans, avec possibilité de prolongation par la suite. L'examen des candidatures commencera immédiatement et se poursuivra jusqu'à ce que le poste soit pourvu. Veuillez soumettre votre candidature via le portail de recrutement de l'Université de Bâle, en fournissant les documents suivants : (A) une lettre de motivation décrivant votre motivation et expérience pertinente, (B) un curriculum vitae complet, (C) les coordonnées d'au moins deux références prêtes à fournir des lettres de recommandation sur demande.
Pour toute demande informelle concernant le poste, veuillez contacter le Prof. Dr Burcu Tepekule (burcu.tepekule@unibas.ch) .
L'Université de Bâle est un employeur garantissant l'égalité des chances et favorable à la famille, engagé vers l'excellence par la diversité.
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4000 Bâle
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