Bioinformatiker / Rechnerbiologe

Einführung

Die UNIL ist eine führende internationale Lehr- und Forschungseinrichtung mit über 5.000 Mitarbeitenden und 17.000 Studierenden, verteilt auf den Campus Dorigny, das CHUV und Epalinges. Als Arbeitgeber fördert die UNIL Exzellenz, individuelle Anerkennung und Verantwortung.

unil.ch/work

Präsentation

Das Department für Fundamentale Onkologie der Universität Lausanne lädt Bewerbungen für die Position eines Bioinformatikers / Rechnerbiologen in der Gruppe von Prof. Alexandre Harari ein.

Diese Position ist eingebettet in IMPRINT, ein angewandtes Forschungsprojekt, das von Innosuisse, der Schweizer Innovationsagentur, finanziert wird. IMPRINT wird von Dr. Johanna Chiffelle und Prof. Alexandre Harari geleitet und zielt darauf ab, Präzisionsimmunologie an die klinische Frontlinie zu bringen.

Im Zentrum von IMPRINT steht SEQTR, eine Technologie zur Sequenzierung des Immunrepertoires. Durch die Kartierung des Immun-Fingerabdrucks eines Patienten und die Kopplung mit KI-gesteuerten Vorhersagemodellen soll das Projekt die Reaktion eines Patienten auf eine Immuntherapie vorhersagen. Beginnend mit Melanom und Lungenkrebs wird der Ansatz mit klinischen Partnern validiert, mit dem ultimativen Ziel, umsetzbare Berichte für Onkologie-Teams zum Zeitpunkt der Behandlungsentscheidung bereitzustellen.

Dies ist eine Gelegenheit, an der Schnittstelle von modernster Immunsequenzierung, maschinellem Lernen und klinischer Translation in einem Umfeld zu arbeiten, das aktiv die Brücke zwischen akademischer Entdeckung und realer Wirkung baut.

Stelleninformationen

Voraussichtliches Eintrittsdatum: 01.09.2026

Vertragsdauer: 12 Monate (mit Aussicht auf Verlängerung)

Beschäftigungsgrad: 100%

Arbeitsort: AGORA Krebsforschungszentrum, Lausanne (vor Ort)

Ihre Aufgaben

Datenanalyse, prädiktive Modellierung und mehr

• Analyse von Immunrepertoire-Sequenzierungsdatensätzen zur Entwicklung und Verfeinerung von maschinellen Lernmodellen, die die Behandlungsreaktion vorhersagen und Biomarker für die Wirksamkeit der Immuntherapie identifizieren.
• Anwendung modernster ML-Methoden zur Extraktion klinisch relevanter Immun-Signaturen aus NGS-Daten.
• Teilnahme an interdisziplinären Meetings mit klinischen Partnern, um deren Bedürfnisse bei der Dateninterpretation zu verstehen und in umsetzbare analytische Ergebnisse zu übersetzen.
• Integration analytischer Ergebnisse in klinisch ausgerichtete Dashboards (in Zusammenarbeit mit Partnern entwickelt), die Klarheit und Benutzerfreundlichkeit für nicht-computationale Zielgruppen gewährleisten.
• Beitrag zu kreativen Ansätzen der Datenvisualisierung.
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Pipeline-, Plattform- und Wissensentwicklung

• Entwurf, Aufbau und Wartung robuster, reproduzierbarer Bioinformatik-Pipelines für die Analyse des Immunrepertoires (von Rohsequenzdaten bis zur biologischen Interpretation), anwendbar in verschiedenen klinischen Kontexten.
• Implementierung und Optimierung von Workflows unter Verwendung bewährter Pipeline-Frameworks und Versionskontrolle (z. B. Git/SVN).
• Mitwirkung an der Entwicklung einer webbasierten Plattform, die Forschern und Klinikern ermöglicht, ihre eigenen Immunrepertoire-Sequenzierungsdaten zu analysieren.
• Auf dem neuesten Stand bleiben bezüglich der sich schnell entwickelnden Landschaft von Tools zur Immunrepertoire-Analyse, Sequenzierungstechnologien und computergestützten Methoden; proaktive Integration relevanter Fortschritte in die laufende Arbeit.
• Teilnahme an wissenschaftlichen Veröffentlichungen (Manuskripte, Konferenzpräsentationen) und Beitrag zur Verbreitung der Ergebnisse.

• Zeigen Sie Neugier und Offenheit gegenüber dem umfassenderen Prozess, ein akademisches Forschungsprojekt in eine reale klinische Lösung zu übersetzen, einschließlich Interesse an regulatorischen Wegen, Produktentwicklung und dem unternehmerischen Ökosystem rund um Präzisionsdiagnostik.

Ihre Qualifikationen

• Masterabschluss oder höher in Bioinformatik, Rechnerbiologie, Biostatistik oder Informatik mit starkem biologischem Schwerpunkt
• >2 Jahre praktische Erfahrung in einem bioinformatischen oder rechnerbiologischen Umfeld (akademisch oder industriell)
• Grundlegende Kenntnisse in Immunologie sind erforderlich; Vertrautheit mit dem adaptiven Immunsystem, T-Zell-Biologie und Immunrepertoire-Konzepten ist essenziell
• Kenntnisse in TCR/BCR-Repertoire-Sequenzierung und -Analyse (CDR3, V(D)J-Rekombination, Klonalitätsmetriken) sind ein bedeutender Vorteil
• Beherrschung von Python (z. B. Pandas und Numpy) und/oder R (z. B. Tidyverse) für Datenanalyse, statistische Modellierung und Pipeline-Skripting
• Erfahrung mit Linux/Unix-Umgebungen und Shell-Skripting (bash)
• Kenntnisse in Algorithmusentwicklung und maschinellen Lernverfahren für großskalige biologische Datensätze (scikit-learn, PyTorch, TensorFlow oder Äquivalente)
• Vertrautheit mit Standardsequenzierungsdatenformaten und -methoden ist von Vorteil
• Sicherer Umgang mit Versionskontrolle (Git), Build-Systemen und kollaborativen Entwicklungspraktiken
• Erfahrung mit Tools zur Immunrepertoire-Profilierung und Klonotyp-Verfolgung (z. B. MiXCR, IMGT/HighV-QUEST, VDJtools, ClonoSEQ oder Ähnliches) ist von Vorteil
• Erfahrung in der Software-Pipeline-Entwicklung, Workflow-Automatisierung und strukturierter Datenverwaltung (z. B. SQL) ist von Vorteil
• Ausgezeichnete schriftliche und mündliche Kommunikationsfähigkeiten in Englisch
• Teamorientierte Zusammenarbeit, komfortabel in interdisziplinärer Arbeit mit Biologen, Klinikern und Ingenieuren
• Selbstmotiviert und proaktiv: Fähigkeit, Aufgaben eigenverantwortlich zu übernehmen und mit minimaler Aufsicht voranzutreiben
• Hoch organisiert, sorgfältig und aufmerksam bezüglich Datenqualität und Reproduzierbarkeit
• Begeistert von Herausforderungen und Freude an der Arbeit an der Schnittstelle von Wissenschaft und Technologie

Was die Position Ihnen bietet

Wir bieten einen angenehmen Arbeitsplatz in einem multikulturellen, vielfältigen und dynamischen akademischen Umfeld sowie Möglichkeiten zur beruflichen Weiterbildung.

Diese Position ist eingebettet in ein multidisziplinäres Team, das Immunologie, Onkologie, Computerwissenschaften und klinische Translation vereint. Sie arbeiten mit einzigartigen, hochmodernen proprietären Sequenzierungsdaten und haben die Möglichkeit, zu Wissenschaft beizutragen, die direkt die Patientenversorgung beeinflusst.

Über den akademischen Rahmen hinaus ist dieses Projekt an der Spitze der Innovation positioniert und bietet Einblicke in den gesamten Weg von der Forschungshypothese bis zur klinischen Anwendung, in einem Kontext, in dem der Ehrgeiz, etwas Nachhaltiges zu schaffen, tief in der DNA des Teams verankert ist.

Kontakt für weitere Informationen

Dr. Johanna Chiffelle (johanna.chiffelle@unil.ch)
Prof. Alexandre Harari (alexandre.harari@unil.ch)

Ihre Bewerbung

Bewerbungsschluss: 01.08.2026 

Bitte fügen Sie Ihrer vollständigen Bewerbung einen Lebenslauf, ein Anschreiben, die Kontaktdaten von zwei Referenzen und gegebenenfalls akademische Publikationen bei.
Nur Bewerbungen über diese Webseite werden berücksichtigt.

Wir danken Ihnen für Ihr Verständnis.

Stellenbeschreibung

Klicken Sie hier , um die Stellenbeschreibung zu öffnen.

Zusätzliche Informationen

Die UNIL verpflichtet sich zu:
• Gleichstellung, Vielfalt und Inklusion innerhalb ihrer Gemeinschaft;
• Sicherstellung eines offenen und respektvollen Umfelds, das persönliche Entwicklung fördert;
• Angebot von Arbeitsbedingungen, die eine ausgewogene Work-Life-Balance ermöglichen.

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