Bioinformaticien / Biologiste Computationnel

Introduction

L’UNIL est une institution internationale de premier plan en enseignement et recherche, avec plus de 5 000 employés et 17 000 étudiants répartis entre son campus de Dorigny, le CHUV et Epalinges. En tant qu’employeur, l’UNIL encourage l’excellence, la reconnaissance individuelle et la responsabilité.

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Présentation

Le Département d’Oncologie Fondamentale de l’Université de Lausanne invite les candidatures pour le poste de Bioinformaticien / Biologiste Computationnel au sein du groupe du Prof. Alexandre Harari.

Ce poste s’inscrit dans le cadre d’IMPRINT, un projet de recherche appliquée financé par Innosuisse, l’Agence suisse pour l’innovation. IMPRINT est dirigé par le Dr Johanna Chiffelle et le Prof. Alexandre Harari, et vise à amener l’immunologie de précision au premier plan clinique.

Au cœur d’IMPRINT se trouve SEQTR, une technologie de séquençage du répertoire immunitaire. En cartographiant l’empreinte immunitaire d’un patient et en la couplant à des modèles prédictifs pilotés par l’IA, le projet vise à prédire la réponse d’un patient à l’immunothérapie. En commençant par le mélanome et le cancer du poumon, l’approche sera validée avec des partenaires cliniques, avec pour objectif ultime de fournir des rapports exploitables aux équipes d’oncologie au moment de la décision thérapeutique.

C’est une opportunité de travailler à l’intersection du séquençage immunitaire de pointe, de l’apprentissage automatique et de la traduction clinique dans un environnement qui construit activement le pont entre la découverte académique et l’impact concret.

Informations sur le poste

Date de début prévue : 01.09.2026

Durée du contrat : 12 mois (avec perspective de prolongation)

Taux d’emploi : 100%

Lieu de travail : Centre de Recherche sur le Cancer AGORA, Lausanne (sur site)

Vos responsabilités

Analyse de données, modélisation prédictive et au-delà

• Analyser des jeux de données de séquençage du répertoire immunitaire pour développer et affiner des modèles d’apprentissage automatique prédisant la réponse au traitement et identifiant des biomarqueurs d’efficacité de l’immunothérapie.
• Appliquer des approches ML de pointe pour extraire des signatures immunitaires cliniquement significatives à partir de données NGS.
• Participer à des réunions multidisciplinaires avec des partenaires cliniques pour comprendre leurs besoins en interprétation des données et les traduire en résultats analytiques exploitables.
• Intégrer les résultats analytiques dans des tableaux de bord destinés aux cliniciens (développés en collaboration avec les partenaires), en assurant clarté et facilité d’utilisation pour des publics non informaticiens.
• Contribuer par des approches créatives à la visualisation des données.
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Développement de pipelines, plateformes et connaissances

• Concevoir, construire et maintenir des pipelines bioinformatiques robustes et reproductibles pour l’analyse du répertoire immunitaire (depuis les données brutes de séquençage jusqu’à l’interprétation biologique), applicables à divers contextes cliniques.
• Mettre en œuvre et optimiser des workflows en utilisant des cadres de pipelines best-practice et le contrôle de version (ex. Git/SVN).
• Contribuer au développement d’une plateforme web permettant aux chercheurs et cliniciens d’analyser leurs propres données de séquençage du répertoire immunitaire.
• Se tenir à jour des évolutions rapides des outils d’analyse du répertoire immunitaire, des technologies de séquençage et des méthodes computationnelles ; intégrer de manière proactive les avancées pertinentes dans le travail en cours.
• Participer à la rédaction scientifique (manuscrits, présentations en conférence) et contribuer à la diffusion des résultats.

• Faire preuve de curiosité et d’ouverture envers le parcours plus large de la traduction d’un projet de recherche académique en solution clinique concrète, incluant un intérêt pour la compréhension des voies réglementaires, du développement produit et de l’écosystème entrepreneurial autour du diagnostic de précision.

Vos qualifications

• Master ou diplôme supérieur en Bioinformatique, Biologie Computationnelle, Biostatistique ou Informatique avec une forte composante biologique
• Plus de 2 ans d’expérience pratique en bioinformatique ou biologie computationnelle (académique ou industrie)
• Connaissances fondamentales en immunologie requises ; familiarité avec le système immunitaire adaptatif, la biologie des lymphocytes T et les concepts du répertoire immunitaire essentielle
• Connaissance du séquençage et de l’analyse du répertoire TCR/BCR (CDR3, recombinaison V(D)J, métriques de clonalité) est un atout important
• Maîtrise de Python (ex. Pandas et Numpy) et/ou R (ex. Tidyverse) pour l’analyse de données, la modélisation statistique et le scripting de pipelines
• Expérience en environnement Linux/Unix et scripting shell (bash)
• Connaissance du développement d’algorithmes et des approches d’apprentissage automatique pour des jeux de données biologiques à grande échelle (scikit-learn, PyTorch, TensorFlow ou équivalent)
• Familiarité avec les formats et méthodes standards de données de séquençage est un plus
• À l’aise avec le contrôle de version (Git), les systèmes de build et les pratiques de développement collaboratif
• Expérience avec des outils de profilage du répertoire immunitaire et de suivi des clonotypes (ex. MiXCR, IMGT/HighV-QUEST, VDJtools, ClonoSEQ ou similaires) est un plus
• Expérience en développement de pipelines logiciels, automatisation de workflows et gestion structurée des données (ex. SQL) est un plus
• Excellentes compétences en communication écrite et orale en anglais
• Esprit d’équipe collaboratif, à l’aise pour travailler avec des biologistes, cliniciens et ingénieurs
• Autonome et proactif : capable de prendre en charge des tâches et de les mener à bien avec un minimum de supervision
• Très organisé, rigoureux et attentif à la qualité et à la reproductibilité des données
• Apprécie les défis et aime travailler à la frontière de la science et de la technologie

Ce que le poste vous offre

Nous offrons un cadre de travail agréable dans un environnement académique multiculturel, diversifié et dynamique, ainsi que des opportunités de formation professionnelle.

Ce poste s’inscrit dans une équipe pluridisciplinaire combinant immunologie, oncologie, sciences computationnelles et traduction clinique. Vous travaillerez avec des données de séquençage propriétaires uniques et de pointe et aurez l’opportunité de contribuer à une science ayant un impact direct sur les soins aux patients.

Au-delà du cadre académique, ce projet se situe à la pointe de l’innovation, offrant une exposition à l’ensemble du parcours, de l’hypothèse de recherche à l’application clinique, dans un contexte où l’ambition de construire quelque chose de durable fait partie intégrante de l’ADN de l’équipe.

Contact pour plus d’informations

Dr Johanna Chiffelle (johanna.chiffelle@unil.ch)
Prof. Alexandre Harari (alexandre.harari@unil.ch)

Votre candidature

Date limite de candidature : 01.08.2026 

Merci d’inclure votre dossier complet (curriculum vitae, lettre de motivation, coordonnées de deux références et publications académiques si pertinentes).
Seules les candidatures via ce site web seront prises en compte.

Nous vous remercions de votre compréhension.

Description du poste

Cliquez ici pour ouvrir la description du poste.

Informations complémentaires

L’UNIL s’engage à :
• l’égalité, la diversité et l’inclusion au sein de sa communauté ;
• garantir un environnement ouvert et respectueux propice au développement personnel ;
• offrir des conditions de travail facilitant l’équilibre vie professionnelle-vie privée.

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