Postdoktorand - Bioinformatik100%, Zürich, befristetDas Clinical Genomics Team unter der Leitung von Dr. André Kahles am Biomedical Informatics Lab (BMI Lab), geleitet von Prof. Gunnar Rätsch, an der ETH Zürich, sucht einen hochmotivierten Postdoktoranden mit starkem Hintergrund in Sequenzbioinformatik, Algorithmen und Datenstrukturen. Der erfolgreiche Kandidat wird Teil eines interdisziplinären Teams, das innovative Diagnosetechnologien auf Basis von Langzeit-Sequenzierung und Echtzeit-Sequenzanalyse entwickelt.ProjekthintergrundDie schnelle und genaue Identifikation bakterieller Infektionen bleibt eine grosse Herausforderung in der klinischen Praxis, insbesondere in Notfallsituationen, in denen eine verzögerte Diagnose zu suboptimaler oder verzögerter Behandlung und erhöhter Mortalität bei Erkrankungen wie Sepsis führen kann. Aktuelle Diagnosemethoden benötigen oft 24–72 Stunden, was zur empirischen Anwendung von Breitbandantibiotika und zur Entstehung antimikrobieller Resistenzen beitragen kann. Im Rahmen des RADIANT-Dx Konsortiums entwickelt unser interdisziplinäres Team eine tragbare Diagnostikplattform basierend auf Langzeit-Sequenzierung, um eine schnelle transkriptomische Profilierung von Wirtsreaktionen und Pathogenen direkt aus Blutproben zu ermöglichen. Das Projekt integriert experimentelle und rechnerische Expertise, um Echtzeit-Sequenzanalysen zu ermöglichen und klinisch verwertbare Ergebnisse innerhalb von Stunden zu liefern.StellenbeschreibungSie entwickeln und implementieren neuartige rechnerische Methoden zur Analyse von Langzeit-Sequenzierungsdaten, inklusive Vor- und Nachbearbeitung der Basenbestimmung, zur Unterstützung der Entwicklung einer Diagnostikplattform der nächsten GenerationSie entwerfen Algorithmen und statistische Modelle für die Echtzeit-Sequenzanalyse von Wirts- und Pathogen-Transkriptomdaten, mit Fokus auf robuste und skalierbare Ansätze für klinische AnwendungenSie arbeiten eng mit einem interdisziplinären Team aus Bioinformatikern, Mikrobiologen, Klinikern und Ingenieuren an der ETH Zürich, der Universität Zürich und dem Universitätsspital Zürich zusammenSie tragen zur Integration bioinformatischer Methoden in ein translationales Forschungsprojekt bei, das auf eine schnelle und klinisch verwertbare Infektionsdiagnostik abzieltSie leiten rechnerische Forschungsprojekte, publizieren Ergebnisse in führenden wissenschaftlichen Zeitschriften und tragen zur Weiterentwicklung von Methoden in mikrobieller Genomik, Langzeit-Sequenzierungsanalyse und angewandter computergestützter Biologie beiProfilSie sollten einen Doktortitel in folgenden Bereichen besitzen:Computational Biology / BioinformaticsInformatikStatistik / Angewandte Mathematikoder einem verwandten quantitativen Fachgebietmit starkem Hintergrund in Algorithmen, Datenstrukturen und statistischer Modellierung.Erfahrung in Sequenzanalyse, mikrobieller Genomik und Langzeit-Sequenzierungsdatenanalyse ist sehr wünschenswert. Vertrautheit mit Signalverarbeitung oder angewandtem maschinellen Lernen ist von Vorteil. Sie sollten eine starke Motivation zeigen, innovative rechnerische Methoden zu entwickeln und zu interdisziplinärer Forschung mit potenziellem klinischem Einfluss beizutragen, idealerweise unterstützt durch eine solide Publikationsliste.ArbeitsplatzArbeitsplatzWir bietenIhren Job mit Wirkung: Werden Sie Teil der ETH Zürich, die nicht nur Ihre berufliche Entwicklung unterstützt, sondern auch aktiv zu positiven gesellschaftlichen Veränderungen beiträgt Sie können zahlreiche Vorteile erwarten, wie ÖV-Saisonabonnements und Carsharing, ein breites Sportangebot des ASVZ, Kinderbetreuung und attraktive Pensionsleistungen Wir schätzen Vielfalt und NachhaltigkeitNeugierig? Wir auch.Wir freuen uns auf Ihre Online-Bewerbung mit folgenden Unterlagen:Forschungsproposal (ca. 2-3 Seiten) Lebenslauf Anschreiben/persönliche Stellungnahme inklusive der Namen von drei Referenzen Bitte beachten Sie, dass wir ausschließlich Bewerbungen über unser Online-Bewerbungsportal akzeptieren. Bewerbungen per E-Mail oder Post werden nicht berücksichtigt.Über die ETH ZürichNeugierig? Wir auch.Wir freuen uns auf Ihre Online-Bewerbung mit folgenden Unterlagen:Forschungsproposal (ca. 2-3 Seiten) Lebenslauf Anschreiben/persönliche Stellungnahme inklusive der Namen von drei Referenzen Bitte beachten Sie, dass wir ausschließlich Bewerbungen über unser Online-Bewerbungsportal akzeptieren. Bewerbungen per E-Mail oder Post werden nicht berücksichtigt
