Doktorand*in SNSF in Quantitativer Mikrobieller Ökologie und Metabolischen Interaktionen

Einleitung

Die UNIL ist eine führende internationale Lehr- und Forschungseinrichtung mit über 5.000 Mitarbeitenden und 17.000 Studierenden, verteilt auf den Campus Dorigny, das CHUV und Epalinges. Als Arbeitgeber fördert die UNIL Exzellenz, individuelle Anerkennung und Verantwortung.

unil.ch/work

Präsentation

Das Pacheco Lab (pachecolab.com) im Department für Fundamentale Mikrobiologie der Universität Lausanne bietet eine Stelle als Doktorand*in SNSF in quantitativer mikrobieller Ökologie und metabolischen Interaktionen (interdisziplinärer experimenteller/Computational Fokus) an.

Stelleninformationen

Voraussichtlicher Beginn: flexibel, frühestens 1. Januar 2027
Vertragsdauer: 1 Jahr, verlängerbar
Beschäftigungsgrad: 100%
Arbeitsort: Universität Lausanne, Campus Dorigny

Ihre Aufgaben

Das Pacheco Lab hat eine offene Doktorandenstelle zur Untersuchung, wie Umweltbedingungen mikrobielle Interaktionen, Gemeinschaftsbildung und metabolische Abhängigkeiten prägen, mit besonderem Fokus auf pflanzenassoziierte mikrobielle Gemeinschaften.
Mikroorganismen bilden in der Natur komplexe Gemeinschaften, deren Eigenschaften aus den Interaktionen ihrer Mitglieder entstehen. Während die Verfügbarkeit von Ressourcen die Zusammensetzung mikrobieller Gemeinschaften stark beeinflusst, fehlt uns noch ein mechanistisches und vorhersagbares Verständnis darüber, wie Umweltbedingungen mikrobielle Konkurrenz, Kooperation und metabolische Abhängigkeiten umgestalten.
Eine grosse Herausforderung in der mikrobiellen Ökologie besteht darin, dass Interaktionen zwischen Mikroorganismen nicht fest sind, sondern stark vom Umweltkontext abhängen. Veränderungen in der Ressourcenverfügbarkeit, zeitlichen Dynamik und räumlichen Struktur können mikrobielle Interaktionen und die Sukzession von Gemeinschaften grundlegend verändern. Pflanzenassoziierte Umgebungen bieten einen besonders interessanten Rahmen, um diese Prozesse zu untersuchen, aufgrund ihrer dynamischen Ressourcenlandschaften und ihrer Auswirkungen auf die Wirte.
Im Rahmen dieses Projekts wollen wir aufdecken, wie der Umweltkontext mikrobielle Interaktionsnetzwerke durch metabolische Mechanismen umgestaltet. Die erfolgreiche Kandidatin/der erfolgreiche Kandidat wird experimentelle Mikrobiologie mit quantitativen und computergestützten Ansätzen kombinieren, um zu untersuchen, wie Ressourcenzusammensetzung, Umweltstruktur und zeitliche Dynamik bakterielle Interaktionen und Gemeinschaftsbildung beeinflussen.
Ein zentrales Ziel ist es, über paarweise Interaktionen hinauszugehen und ein vorhersagbares, netzwerkbasiertes Verständnis mikrobieller Gemeinschaften zu entwickeln, das metabolische Eigenschaften und Umweltbedingungen mit Ergebnissen auf Gemeinschaftsebene verknüpft. Experimentelle Messungen werden mit quantitativen Analysen und Modellierungen integriert, um ökologische Hypothesen zu generieren und zu testen. Ein Schwerpunkt liegt auf der Entwicklung mechanistischer und vorhersagbarer Erklärungen für Gemeinschaftsdynamiken, anstatt nur kompositionelle Veränderungen zu beschreiben.
Das Projekt wird hauptsächlich kontrollierte experimentelle Systeme verwenden, die wichtige ökologische Merkmale natürlicher mikrobieller Umgebungen, einschließlich pflanzenassoziierter Habitate, erfassen. Diese Arbeit wird zu einem vorhersagbaren Rahmen beitragen, der Stoffwechsel, Umweltbedingungen, mikrobielle Interaktionen und Gemeinschaftssukzession verbindet, mit langfristigen Anwendungen im Design nützlicher Mikrobiome.

Ihre Qualifikationen

Wir suchen eine motivierte und neugierige Person mit starkem Interesse an mikrobieller Ökologie und quantitativer Biologie. Bewerber*innen sollten Folgendes mitbringen:
• Einen Masterabschluss in Mikrobiologie, Biologie, Bioingenieurwesen, Systembiologie, quantitativer Biologie oder einem verwandten Fach
• Starkes Interesse an mikrobiellen Interaktionen, Stoffwechsel, Gemeinschaftsökologie und Gemeinschaftsdynamik
• Gute Kenntnisse in bakterieller Physiologie, Stoffwechsel und Zellbiologie
• Praktische Erfahrung mit mikrobieller Kultivierung und allgemeinen mikrobiologischen Techniken
• Interesse an quantitativer Analyse und Dateninterpretation
• Englischkenntnisse
• Fähigkeit und Motivation, sowohl selbstständig als auch kollaborativ in einem interdisziplinären Forschungsumfeld zu arbeiten
Wir freuen uns besonders über Bewerber*innen, die Freude daran haben, biologische Fragestellungen quantitativ zu durchdenken und zwischen Experimenten, Daten und Theorie zu wechseln. Folgende Erfahrungen sind von Vorteil, aber nicht zwingend erforderlich:
• Programmierung, quantitative Datenanalyse oder computergestützte Biologie
• Mathematische, metabolische oder ökologische Modellierung
• Pflanzenassoziierte Mikrobiologie, Bodenmikrobiologie, Umweltmikrobiologie oder Pflanzen-Mikroben-Interaktionen
Die erfolgreiche Kandidatin/der erfolgreiche Kandidat wird ermutigt, im Verlauf der Promotion zunehmende wissenschaftliche Unabhängigkeit und intellektuelle Verantwortung für das Projekt zu entwickeln.

Was die Stelle Ihnen bietet

Sie treten einer neuen und hochmotivierten interdisziplinären Forschungsgruppe bei, die sich auf das Verständnis und die Gestaltung mikrobieller Interaktionen für Anwendungen in der Wirtsgesundheit und Nachhaltigkeit konzentriert. Unser Labor befindet sich im Biophore-Gebäude mit Blick auf den Genfersee und die Alpen und ist eingebettet in das lebendige und internationale Forschungsumfeld des Departments für Fundamentale Mikrobiologie an der Universität Lausanne. Unsere hochmodernen biologischen und computergestützten Labore werden durch die exzellente Forschungsinfrastruktur der UNIL unterstützt (z. B. Rechencluster sowie Sequenzierungs-, Metabolomik- und Mikroskopieeinrichtungen) und durch ein kollaboratives Netzwerk führender Forschender in mikrobieller Ökologie, computergestützter Biologie, nachhaltiger Landwirtschaft und Medizin (z. B. NCCR Microbiomes, Department für Ökologie und Evolution, Swiss Institute of Bioinformatics, EPFL und CHUV). Die UNIL ist tief in die breitere Gemeinschaft und Region Lausanne integriert, die zahlreiche Möglichkeiten für berufliche Weiterbildung und ein reichhaltiges kulturelles Leben bietet. Weitere Informationen zu unserer Gruppe, unseren Forschungsinteressen und Publikationen finden Sie auf unserer Webseite: https://pachecolab.com

Ihre Bewerbung

Es werden nur vollständige Bewerbungen berücksichtigt, die über diese Webseite eingereicht werden. Bitte laden Sie die folgenden Dokumente als separate PDF-Dateien hoch:
A. Ein Motivationsschreiben, in dem Sie Ihre bisherigen Forschungserfahrungen, wissenschaftlichen Interessen und Ihre Motivation für das Projekt beschreiben. Bitte gehen Sie in Ihrem Motivationsschreiben auch kurz auf folgende Fragen ein, die uns helfen sollen zu verstehen, wie Sie wissenschaftlich denken und welche Fragestellungen Sie motivieren:
o Erzählen Sie uns von einer Fragestellung in der mikrobiellen Ökologie oder Evolution, die Sie besonders interessiert. Warum interessiert sie Sie, und welche quantitativen Messungen oder Ansätze könnten helfen, sie zu beantworten?
o Basierend auf dem oben beschriebenen Projekt, welcher Aspekt mikrobieller Interaktionen oder Gemeinschaftsdynamik würde Sie am meisten interessieren, und wie würden Sie ihn anzugehen beginnen?
B. Ihren Lebenslauf
C. Akademische Zeugnisse (Bachelor- und Masterabschluss, falls vorhanden)
D. Kontaktinformationen von zwei akademischen Referenzen

Zeitplan

Wir erwarten folgenden Zeitplan:
• Bewerbungsfrist: 30. Oktober 2026. Bewerbungen werden nach Ablauf der Frist gesammelt bewertet
• Erste Online-Interviews: 4.-6. November
• Virtuelle Forschungspräsentationen und Diskussionen mit der Gruppe: 11.-13. November
• Besuche der Finalist*innen in Lausanne: Anfang Dezember
• Endgültige Entscheidung: Anfang Dezember
Wir empfehlen Bewerber*innen, diese Termine bei der Bewerbung zu berücksichtigen. Eingeladene Kandidat*innen erhalten weitere Informationen zur Terminplanung, und wir bemühen uns, individuelle Einschränkungen innerhalb der begrenzten Interviewzeiten zu berücksichtigen.

Kontakt für weitere Informationen

Prof. Alan Pacheco: alan.pacheco@unil.ch.