Doctorant FNS en écologie microbienne quantitative et interactions métaboliques

Introduction

L’UNIL est une institution internationale de premier plan en enseignement et recherche, avec plus de 5 000 employés et 17 000 étudiants répartis entre son campus de Dorigny, le CHUV et Epalinges. En tant qu’employeur, l’UNIL encourage l’excellence, la reconnaissance individuelle et la responsabilité.

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Présentation

Le laboratoire Pacheco (pachecolab.com) du Département de microbiologie fondamentale de l’Université de Lausanne propose un poste de doctorant FNS en écologie microbienne quantitative et interactions métaboliques (approche expérimentale/computationale interdisciplinaire).

Informations sur le poste

Date de début prévue : flexible, au plus tôt le 1er janvier 2027
Durée du contrat : 1 an, renouvelable
Taux d’activité : 100 %
Lieu de travail : Université de Lausanne, campus de Dorigny

Vos responsabilités

Le laboratoire Pacheco propose un poste de doctorat pour étudier comment les conditions environnementales influencent les interactions microbiennes, l’assemblage des communautés et les dépendances métaboliques, avec un accent particulier sur les communautés microbiennes associées aux plantes.
Les microorganismes forment dans la nature des communautés complexes dont les propriétés émergent des interactions entre leurs membres. Bien que la disponibilité des ressources influence fortement la composition des communautés microbiennes, nous manquons encore d’une compréhension mécanistique et prédictive de la manière dont les conditions environnementales modifient la compétition, la coopération et les dépendances métaboliques microbiennes.
Un défi majeur en écologie microbienne est que les interactions entre microorganismes ne sont pas fixes, mais dépendent fortement du contexte environnemental. Les changements dans la disponibilité des ressources, la dynamique temporelle et la structure spatiale peuvent modifier fondamentalement les interactions microbiennes et la succession des communautés. Les environnements associés aux plantes offrent un cadre particulièrement intéressant pour étudier ces processus en raison de leurs paysages de ressources dynamiques et de leurs effets sur leurs hôtes.
À travers ce projet, nous visons à découvrir comment le contexte environnemental reconfigure les réseaux d’interactions microbiennes via des mécanismes métaboliques. Le candidat retenu combinera microbiologie expérimentale avec des approches quantitatives et computationnelles pour étudier comment la composition des ressources, la structure environnementale et la dynamique temporelle influencent les interactions bactériennes et l’assemblage des communautés.
Un objectif central est d’aller au-delà des interactions par paires et de développer une compréhension prédictive au niveau du réseau des communautés microbiennes, reliant les traits métaboliques et les conditions environnementales aux résultats au niveau communautaire. Les mesures expérimentales seront intégrées à des analyses quantitatives et à la modélisation pour générer et tester des hypothèses écologiques. Une grande importance sera accordée au développement d’explications mécanistiques et prédictives des dynamiques communautaires, plutôt qu’à la simple description des changements de composition.
Le projet utilisera principalement des systèmes expérimentaux contrôlés qui capturent les caractéristiques écologiques clés des environnements microbiens naturels, y compris les habitats associés aux plantes. Ce travail contribuera à un cadre prédictif reliant métabolisme, conditions environnementales, interactions microbiennes et succession communautaire, avec des applications à plus long terme dans la conception de microbiomes bénéfiques.

Vos qualifications

Nous recherchons un candidat motivé et curieux, avec un fort intérêt pour l’écologie microbienne et la biologie quantitative. Les candidats doivent posséder :
• Un master en microbiologie, biologie, bioingénierie, biologie des systèmes, biologie quantitative ou discipline apparentée
• Un fort intérêt pour les interactions microbiennes, le métabolisme, l’écologie des communautés et la dynamique communautaire
• Une bonne base en physiologie bactérienne, métabolisme et biologie cellulaire
• Une expérience pratique en culture microbienne et techniques microbiologiques générales
• Un intérêt pour le raisonnement quantitatif et l’analyse de données
• La maîtrise de l’anglais
• La capacité et la motivation à travailler de manière autonome et collaborative dans un environnement de recherche interdisciplinaire
Nous sommes particulièrement enthousiastes à l’idée de recevoir des candidatures de personnes aimant réfléchir quantitativement aux problèmes biologiques et passer des expériences aux données et à la théorie. Les expériences suivantes seraient un atout, mais ne sont pas obligatoires :
• Programmation, analyse quantitative de données ou biologie computationnelle
• Modélisation mathématique, métabolique ou écologique
• Microbiologie associée aux plantes, microbiologie des sols, microbiologie environnementale ou interactions plante-microbe
Le candidat retenu sera encouragé à développer une indépendance scientifique croissante et une appropriation intellectuelle du projet tout au long du doctorat.

Ce que le poste vous offre

Vous rejoindrez un groupe de recherche interdisciplinaire nouveau et très motivé, axé sur la compréhension et l’ingénierie des interactions microbiennes pour la santé des hôtes et des applications durables. Situé dans le bâtiment Biophore avec vue sur le lac Léman et les Alpes, notre laboratoire est intégré dans l’environnement de recherche dynamique et international du Département de microbiologie fondamentale de l’Université de Lausanne. Nos locaux de biologie et de calcul à la pointe de la technologie sont soutenus par l’excellente infrastructure de recherche de l’UNIL (par exemple, cluster informatique, séquençage, métabolomique et microscopie) et un réseau collaboratif de chercheurs de premier plan en écologie microbienne, biologie computationnelle, agriculture durable et médecine (par exemple, NCCR Microbiomes, Département d’écologie et évolution, Institut suisse de bioinformatique, EPFL et CHUV). L’UNIL est profondément intégrée dans la communauté et la région lausannoises, qui offrent de nombreuses opportunités de formation professionnelle et une vie culturelle riche. Veuillez consulter notre site web pour plus d’informations sur notre groupe, nos intérêts de recherche et nos publications : https://pachecolab.com

Votre candidature

Seules les candidatures complètes soumises via ce site web seront prises en compte. Veuillez télécharger les documents suivants en fichiers PDF séparés :
A. Une lettre de motivation décrivant votre expérience de recherche antérieure, vos intérêts scientifiques et votre motivation pour le projet. Dans votre lettre de motivation, veuillez également répondre brièvement aux questions suivantes, destinées à nous aider à comprendre votre raisonnement scientifique et les types de questions qui vous motivent :
o Parlez-nous d’une question en écologie microbienne ou évolution que vous trouvez particulièrement intéressante. Pourquoi vous intéresse-t-elle et quelles mesures ou approches quantitatives pourraient aider à y répondre ?
o Sur la base du projet décrit ci-dessus, quel aspect des interactions microbiennes ou de la dynamique communautaire vous intéresserait le plus à explorer, et comment pourriez-vous commencer à l’aborder ?
B. Votre CV
C. Relevés de notes académiques (niveau licence et master, le cas échéant)
D. Coordonnées de deux références académiques

Calendrier

Nous prévoyons le calendrier suivant :
• Date limite de candidature : 30 octobre 2026. Les candidatures seront évaluées après cette date et examinées collectivement
• Entretiens en ligne initiaux : 4-6 novembre
• Présentations et discussions de recherche virtuelles avec le groupe : 11-13 novembre
• Visites des finalistes à Lausanne : début décembre
• Décision finale : début décembre
Nous encourageons les candidats à garder ces dates en tête lors de leur candidature. Les candidats invités à un entretien recevront des informations complémentaires sur la planification, et nous ferons de notre mieux pour accommoder les contraintes individuelles dans les plages d’entretien limitées disponibles.

Contact pour plus d’informations

Prof. Alan Pacheco : alan.pacheco@unil.ch.