Poste postdoctoral en modélisation computationnelle des interactions métaboliques

Introduction

UNIL est une institution internationale de premier plan en enseignement et recherche, avec plus de 5 000 employés et 17 000 étudiants répartis entre son campus de Dorigny, le CHUV et Epalinges. En tant qu'employeur, l'UNIL encourage l'excellence, la reconnaissance individuelle et la responsabilité.

Présentation

Le laboratoire Pacheco (pachecolab.com) du Département de microbiologie fondamentale de l'Université de Lausanne propose un poste postdoctoral en modélisation computationnelle des interactions métaboliques.

Informations sur le poste

Date de début prévue : flexible, au plus tôt le 1er janvier 2026

Durée du contrat : 1 an, renouvelable

Taux d’activité : 100%

Lieu de travail : Université de Lausanne, campus de Dorigny

Vos responsabilités

Le laboratoire Pacheco propose un poste ouvert en modélisation computationnelle pour étudier le rôle des mécanismes métaboliques dans la structuration des interactions microbiennes et l’écologie des communautés. 

Dans la nature, les microbes forment des communautés complexes dont les fonctions sont étroitement liées à celles des écosystèmes hôtes. Bien que les microbes individuels présentent des stratégies distinctes d’utilisation des ressources et des dépendances métaboliques, relier ces traits physiologiques à des propriétés émergentes telles que la coexistence et la stabilité écologique reste un défi majeur, en particulier dans des environnements aux profils de ressources fluctuants et hétérogènes. 

À travers ce projet, nous visons à découvrir des principes généraux reliant les traits métaboliques individuels à l’assemblage et à la stabilité des communautés, avec des applications en ingénierie du microbiome et gestion des écosystèmes. Le candidat retenu développera et maintiendra des modèles métaboliques à l’échelle du génome de microbes associés à l’hôte et environnementaux, et appliquera la modélisation par contraintes et l’analyse de réseaux pour simuler les interactions microbe-microbe et microbe-hôte émergentes pertinentes pour la dynamique fonctionnelle des écosystèmes et des hôtes. Ces modèles intégreront des jeux de données expérimentaux (y compris des données génomiques, de croissance et métabolomiques) pour améliorer la représentativité physiologique et la précision prédictive. Le candidat dirigera également les efforts de standardisation des flux de travail pour la construction, la curation et la validation des modèles, en incorporant des outils et pratiques de pointe pour assurer la reproductibilité et l’évolutivité des projets. Il collaborera étroitement avec les membres du groupe pour concevoir et interpréter des expériences informant l’affinement des modèles, et travaillera avec des partenaires externes pour étendre les cadres de modélisation à d’autres systèmes associés à l’hôte et environnementaux.

Ce rôle est idéal pour des candidats ayant une solide formation en biologie computationnelle, écologie microbienne ou biologie des systèmes, et un intérêt pour les approches basées sur les données pour comprendre et concevoir des communautés microbiennes.

Vos qualifications

-    Diplôme de doctorat (ou soutenance prévue au moment de la candidature)
-    Bon dossier de publications (au moins une publication en premier auteur dans une revue internationale reconnue à comité de lecture)
-    Solide expérience pratique en modélisation mathématique (notamment modélisation métabolique à l’échelle du génome) et techniques bioinformatiques
-    Un enthousiasme pour la réflexion conceptuelle en écologie est apprécié
-    Maîtrise de l’anglais
-    Forte motivation personnelle pour la recherche scientifique, curiosité naturelle, et capacité à travailler de manière autonome et collaborative au sein d’une équipe interdisciplinaire en croissance
-    Les candidats interdisciplinaires avec une expérience ou un intérêt supplémentaire pour les systèmes expérimentaux (laboratoire humide) en écologie microbienne sont fortement encouragés à postuler

Ce que le poste vous offre

Vous rejoindrez un nouveau groupe de recherche interdisciplinaire très motivé, axé sur la compréhension et l’ingénierie des interactions microbiennes pour la santé de l’hôte et des applications durables. Situé dans le bâtiment Biophore avec vue sur le lac Léman et les Alpes, notre laboratoire est intégré dans l’environnement de recherche dynamique et international du Département de microbiologie fondamentale de l’Université de Lausanne. Notre espace de laboratoire de biologie et de calcul à la pointe de la technologie est soutenu par l’excellente infrastructure de recherche de l’UNIL (par exemple, cluster informatique et installations de séquençage, métabolomique et microscopie) ainsi qu’un réseau collaboratif de chercheurs de premier plan en écologie microbienne, biologie computationnelle, agriculture durable et médecine (par exemple, NCCR Microbiomes, Département d’écologie et évolution, Institut suisse de bioinformatique, EPFL et CHUV). L’UNIL est profondément intégrée dans la communauté et la région lausannoises, qui offrent de nombreuses opportunités de formation professionnelle et une vie culturelle riche.

Veuillez visiter notre site web pour plus d’informations sur notre groupe, nos intérêts de recherche et nos publications :
https://pachecolab.com

Contact pour plus d’informations

Prof. Alan Pacheco : alan.pacheco@unil.ch 

Votre candidature

Date limite de candidature : l’examen des candidatures commencera immédiatement et se poursuivra jusqu’à ce que le poste soit pourvu.

Veuillez inclure votre dossier complet en format PDF, comprenant une lettre de motivation, un CV avec notes, une brève description des recherches antérieures, et les coordonnées de deux références. 

Seules les candidatures via ce site web seront prises en compte.

Informations complémentaires

Souhaitant promouvoir une représentation équitable des hommes et des femmes parmi son personnel, l’Université de Lausanne encourage les candidatures féminines.