Universität Basel
Basel
Chercheur principal en biologie computationnelle (80 %)
- 16 septembre 2026
- 80%
- 4000 Basel
À propos de cette offre
À partir du 1er juin 2027, ou selon accord | initialement à durée déterminée de 5 ans, avec possibilité de prolongation
Le Département de génie biomédical fait partie de la Faculté de médecine de l'Université de Bâle. Il contribue à un avenir meilleur en répondant aux besoins des soins de santé grâce à une recherche biomédicale innovante et des solutions d'ingénierie, traduisant la science fondamentale en connaissances médicales et innovations en santé.
Le Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) recherche un chercheur principal pour aider à diriger un groupe de recherche en pleine croissance. Notre mission est de comprendre comment les expositions précoces au microbiome influencent la santé tout au long de la vie via leur impact sur le système immunitaire en développement. Nous développons des modèles mathématiques de co-développement microbiome-immunité pour quantifier comment les perturbations précoces du microbiome influencent la résistance antimicrobienne, la dynamique des maladies infectieuses et les maladies non transmissibles, dans le but de traduire nos connaissances en stratégies concrètes pour les soins pédiatriques. Notre travail combine modélisation mathématique statistique et mécanistique, inférence causale et apprentissage automatique, appliqués à des données multi-omiques longitudinales issues de cohortes pédiatriques couvrant divers contextes socio-économiques et géographiques.
Notre laboratoire sera soutenu par deux subventions majeures à partir de 2027. RESILIENT (ERC Starting Grant) cherche à comprendre pourquoi certains nourrissons se remettent des perturbations précoces - antibiotiques, infections, transitions alimentaires - tandis que d'autres sont orientés vers des maladies chroniques, en synthétisant des données multi-omiques longitudinales existantes de plusieurs cohortes pédiatriques en Afrique, en Asie et en Europe ; combinant analyse statistique, inférence causale et modélisation mécanistique. Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant) étudie comment une dysbiose intestinale établie provoque une dysrégulation immunitaire et la progression de la maladie chez les patients pédiatriques, générant de nouvelles données cliniques multi-omiques et utilisant apprentissage profond, modèles d'équations structurelles et inférence causale pour identifier des stratégies de restauration de l'homéostasie immunologique. Ensemble, ces projets amèneront une équipe de postdoctorants, doctorants et personnel technique au laboratoire, travaillant avec divers partenaires cliniques et académiques.
Le Département de génie biomédical fait partie de la Faculté de médecine de l'Université de Bâle. Il contribue à un avenir meilleur en répondant aux besoins des soins de santé grâce à une recherche biomédicale innovante et des solutions d'ingénierie, traduisant la science fondamentale en connaissances médicales et innovations en santé.
Le Pediatric Disease Modeling Lab (https://dbe.unibas.ch/en/research/data-driven-modelling-analysis/pediatric-disease-modeling-lab/) recherche un chercheur principal pour aider à diriger un groupe de recherche en pleine croissance. Notre mission est de comprendre comment les expositions précoces au microbiome influencent la santé tout au long de la vie via leur impact sur le système immunitaire en développement. Nous développons des modèles mathématiques de co-développement microbiome-immunité pour quantifier comment les perturbations précoces du microbiome influencent la résistance antimicrobienne, la dynamique des maladies infectieuses et les maladies non transmissibles, dans le but de traduire nos connaissances en stratégies concrètes pour les soins pédiatriques. Notre travail combine modélisation mathématique statistique et mécanistique, inférence causale et apprentissage automatique, appliqués à des données multi-omiques longitudinales issues de cohortes pédiatriques couvrant divers contextes socio-économiques et géographiques.
Notre laboratoire sera soutenu par deux subventions majeures à partir de 2027. RESILIENT (ERC Starting Grant) cherche à comprendre pourquoi certains nourrissons se remettent des perturbations précoces - antibiotiques, infections, transitions alimentaires - tandis que d'autres sont orientés vers des maladies chroniques, en synthétisant des données multi-omiques longitudinales existantes de plusieurs cohortes pédiatriques en Afrique, en Asie et en Europe ; combinant analyse statistique, inférence causale et modélisation mécanistique. Restoring Homeostasis (SNSF Starting Grant) étudie comment une dysbiose intestinale établie provoque une dysrégulation immunitaire et la progression de la maladie chez les patients pédiatriques, générant de nouvelles données cliniques multi-omiques et utilisant apprentissage profond, modèles d'équations structurelles et inférence causale pour identifier des stratégies de restauration de l'homéostasie immunologique. Ensemble, ces projets amèneront une équipe de postdoctorants, doctorants et personnel technique au laboratoire, travaillant avec divers partenaires cliniques et académiques.
Votre poste
Nous recherchons un chercheur expérimenté et actif scientifiquement pour prendre la direction opérationnelle du laboratoire, en collaboration étroite avec l'investigateur principal. Vous superviserez les projets de recherche du laboratoire pour les deux subventions - calendriers, jalons et livrables - serez le contact principal pour les cohortes collaboratrices, partenaires cliniques et leurs investigateurs principaux, gérerez les budgets de projet, les achats et les rapports aux financeurs, et superviserez le personnel technique du laboratoire. Dans ce rôle, vous façonnerez le fonctionnement et la croissance du groupe, et servirez de point de contact central pour l'équipe et ses partenaires.
Parallèlement à ces responsabilités, vous resterez actif scientifiquement : contribuant aux projets de recherche du laboratoire, coordonnant et co-rédigeant des manuscrits, et représentant le laboratoire lors de conférences. Vous ferez partie d'un environnement de recherche collaboratif avec des interactions étroites avec le Basel Research Centre for Child Health (BRCCH), l'Hôpital universitaire pour enfants de Bâle (UKBB) et l'Institut suisse de santé tropicale et publique (Swiss TPH).
Conformément à nos valeurs et à celles de l'Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) , nous nous engageons à maintenir et promouvoir une culture inclusive, assurer l'égalité des chances et valoriser la diversité et le respect dans notre environnement de travail et d'apprentissage.
Vos principales tâches incluront :
Parallèlement à ces responsabilités, vous resterez actif scientifiquement : contribuant aux projets de recherche du laboratoire, coordonnant et co-rédigeant des manuscrits, et représentant le laboratoire lors de conférences. Vous ferez partie d'un environnement de recherche collaboratif avec des interactions étroites avec le Basel Research Centre for Child Health (BRCCH), l'Hôpital universitaire pour enfants de Bâle (UKBB) et l'Institut suisse de santé tropicale et publique (Swiss TPH).
Conformément à nos valeurs et à celles de l'Uni Basel (https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics/Diversity-and-Inclusion.html) , nous nous engageons à maintenir et promouvoir une culture inclusive, assurer l'égalité des chances et valoriser la diversité et le respect dans notre environnement de travail et d'apprentissage.
Vos principales tâches incluront :
- Superviser les projets de recherche du laboratoire : gérer les calendriers, jalons et livrables des subventions ERC et SNSF, et préparer les rapports scientifiques et financiers pour les financeurs
- Gérer les budgets de projet, les achats et les contrats, y compris la sous-traitance et les accords de service, en collaboration avec l'administration du département
- Coordonner les collaborations avec les cohortes partenaires, les partenaires cliniques et leurs investigateurs principaux : organiser les réunions de consortium et les visites de sites, et maintenir un flux régulier d'informations entre Bâle et les sites partenaires
- Superviser les accords de transfert de données et de matériel, les approbations éthiques et la conformité aux exigences de gouvernance des données, en collaboration avec le gestionnaire de données / technicien bioinformatique du laboratoire et les services juridiques et de recherche de l'Université de Bâle
- Superviser le gestionnaire de données / technicien bioinformatique du laboratoire et superviser la chaîne de traitement qui fournit des ensembles de données prêts à l'analyse à l'équipe de modélisation
- Contribuer aux projets de recherche du laboratoire, et coordonner et co-rédiger des manuscrits avec l'équipe et les partenaires
- Contribuer à l'enseignement et à la supervision des doctorants et étudiants de master
- Représenter le laboratoire lors de conférences scientifiques et soutenir les demandes de subventions ultérieures
Votre profil
Essentiel :
Souhaitable :
- Doctorat en biologie computationnelle, bioinformatique, épidémiologie ou domaine quantitatif connexe, avec expérience postdoctorale
- Expérience de travail dans des projets de recherche collaboratifs multi-partenaires, idéalement impliquant des données cliniques ou de cohortes
- Solides compétences organisationnelles et expérience avérée dans la conduite de projets de recherche et la publication de résultats
- Maîtrise de la programmation scientifique (par ex. R ou Python) et expérience dans l'analyse de données biomédicales
- Excellente maîtrise de l'anglais écrit et parlé, et capacité à communiquer efficacement avec scientifiques, cliniciens et partenaires administratifs
Souhaitable :
- Expérience avec les accords de transfert de données, les demandes d'éthique ou les processus de protection des données
- Expérience avec les budgets de projet, contrats ou rapports aux financeurs
- Familiarité avec les données microbiome, immunologiques ou multi-omiques, et/ou avec les études de cohortes
- Expérience de supervision de personnel technique ou scientifique
- La connaissance de l'allemand est un atout mais non obligatoire
Nous vous offrons
- Un rôle central dans le développement d'un groupe de recherche financé par deux subventions majeures, avec un contrat de cinq ans et possibilité de prolongation
- Un poste scientifiquement actif avec co-rédaction de publications et soutien à la participation aux conférences
- Un environnement stimulant et interdisciplinaire à l'intersection des sciences computationnelles et de la santé pédiatrique, intégré à l'écosystème des sciences de la vie de Bâle
- Une collaboration étroite avec des partenaires cliniques, épidémiologiques et expérimentaux sur plusieurs continents
- Une culture d'équipe dynamique et solidaire qui valorise la diversité et l'inclusion
- Un salaire et des avantages sociaux conformes aux règlements de l'Université de Bâle
Références clés
B. Tepekule, A.I. Lim, et C.J.E. Metcalf, "The ontogeny of immune tolerance: a model of early-life secretory IgA - gut microbiome interactions", PLoS Biology, 2025.
Lien : https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3003263
B. Tepekule, J. Bergadà-Pijuan, T. Scheier, H. F. Günthard, M. Hilthy, R. D. Kouyos, S. Brugger, "Computational and in vitro evaluation of probiotic treatments for nasal Staphylococcus aureus decolonization", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2025.
Lien : https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2412742122
B. Tepekule, P. Abel Zur Wiesch, R. Kouyos, S. Bonhoeffer, "Quantifying the impact of treatment history on plasmid-mediated resistance evolution in human gut microbiota", Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2019.
Lien : https://www.pnas.org/content/116/46/23106
Candidature / Contact
Le poste est disponible à partir du 1er juin 2027, ou plus tard selon accord mutuel. Le contrat est initialement limité à cinq ans, avec possibilité de prolongation par la suite. L'examen des candidatures commencera immédiatement et se poursuivra jusqu'à ce que le poste soit pourvu. Veuillez soumettre votre candidature via le portail de recrutement de l'Université de Bâle, en fournissant les documents suivants : (A) une lettre de motivation décrivant votre motivation et votre expérience, (B) un curriculum vitae complet incluant une liste de publications, (C) les coordonnées d'au moins deux références prêtes à fournir des lettres de recommandation sur demande.
Pour toute demande d'information informelle concernant le poste, veuillez contacter le Prof. Dr Burcu Tepekule (burcu.tepekule@unibas.ch).
L'Université de Bâle est un employeur garantissant l'égalité des chances et favorable à la famille, engagé vers l'excellence par la diversité. Nous attendons avec intérêt la réception de votre candidature complète en ligne.
Université de Bâle
4000 Bâle
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