Chargé.e de recherche en soutien bioinformatique

Introduction

L’Université de Lausanne est un établissement d’enseignement supérieur et de recherche composé de sept facultés où environ 14 300 étudiants et près de 3 800 collaborateurs, professeurs et chercheurs travaillent et étudient. Idéalement située le long du lac Léman, près du centre-ville de Lausanne, son campus rassemble plus de 120 nationalités.

Présentation

Le Département de Microbiologie Fondamentale propose un poste d’assistant de recherche en soutien bioinformatique.

Informations sur le poste

Date de début prévue : entre le 01.09.2026 et le 01.11.2026 (flexible)
Durée du contrat : 1 an (renouvelable jusqu’à 4 ans)
Taux d’activité : 100%
Lieu de travail : Université de Lausanne

Vos responsabilités

Nous recherchons un bioinformaticien motivé pour soutenir les groupes de recherche du Département de Microbiologie Fondamentale, et en particulier, en association avec le Centre National de Compétence en Recherche Microbiomes. Combinant approches computationnelles, modélisation, ingénierie et synthèse, le NCCR Microbiomes vise à comprendre les principes unificateurs du fonctionnement du microbiome, à développer des outils pour diagnostiquer l’état du microbiome, et à concevoir des stratégies pour intervenir et restaurer les microbiomes déséquilibrés. La personne sélectionnée devra (i) établir et mettre en œuvre des workflows bioinformatiques pour analyser les jeux de données de séquençage du microbiome et fournir un accès ouvert aux données, (ii) soutenir et guider l’analyse bioinformatique et la gestion des données des projets liés au NCCR à travers les groupes de recherche, (iii) collaborer avec d’autres groupes du NCCR Microbiomes dans le développement de l’analyse des données microbiomiques, (iv) mener ses propres recherches dans le cadre de la recherche sur le microbiome.

La personne sélectionnée sera intégrée au groupe de recherche du Prof. Philipp Engel, mais travaillera également en étroite collaboration avec le personnel de gestion des données du NCCR et d’autres bioinformaticiens du NCCR (par exemple à l’ETHZ). Nous offrons un environnement de recherche stimulant et international avec accès à des installations informatiques de pointe.

Environ 50% du temps de travail sera dédié au soutien bioinformatique des projets du NCCR Microbiomes. 10% seront consacrés à l’enseignement des cours de Master liés au NCCR Microbiomes. Le reste du temps de travail pourra être dédié à la recherche personnelle au sein du groupe du Prof. Engel.

Vos qualifications

Les candidats doivent être titulaires d’un doctorat en sciences de la vie avec une spécialisation en bioinformatique dans les domaines de l’écologie microbienne et de l’évolution/recherche sur le microbiome. Une solide expérience en conception expérimentale, statistiques, métagénomique shotgun et analyses de génomes microbiens est obligatoire, tout comme une expertise forte dans l’exécution et la mise en place de pipelines bioinformatiques dans des environnements HPC. Une expérience de recherche avec plusieurs microbiomes différents (par exemple sol, plante, humain ou animal) est un atout. Une expérience avérée en scripting UNIX, Python et R est obligatoire.
Une bonne maîtrise de l’anglais, une forte motivation personnelle à collaborer et soutenir des projets de recherche, ainsi que de solides compétences en communication sont attendues. 

Ce que le poste vous offre

Notre vision est de mener des recherches à la pointe de notre domaine, tout en créant un environnement convivial et inclusif, dans lequel de jeunes scientifiques de divers horizons peuvent s’épanouir et se sentir valorisés.
Nous offrons de nombreuses opportunités de formation professionnelle, d’enseignement, de réseautage, de sensibilisation et de publication. 

Contact pour plus d’informations

Prof. Philip Engel
Numéro de téléphone : 0041 21 692 5612

Votre candidature

Date limite de candidature : Les candidatures seront évaluées au fur et à mesure de leur réception.

Merci d’inclure votre dossier complet (lettre de motivation, CV, liste des publications et autres artefacts (par exemple, pages GitHub ou données ouvertes), ainsi que les coordonnées de deux référents au format Word ou PDF).
Seules les candidatures via ce site web seront prises en compte.

Nous vous remercions de votre compréhension.

Spécifications

Cliquez ici pour consulter les spécifications

Informations complémentaires

Souhaitant promouvoir une représentation équitable des hommes et des femmes parmi son personnel, l’Université encourage les candidatures féminines.