Poste de postdoctorant pour le développement de pipelines analytiques et d’analyses visant à surveiller les espèces exotiques envahissantes dans les systèmes aquatiques à l’aide de l’eDNA (2 ans)
- 10 juillet 2026
- 100%
- Durée indéterminée
- Dübendorf
À propos de cette offre
Eawag, l’Institut fédéral suisse des sciences et technologies aquatiques, est un institut de recherche aquatique internationalement connecté au sein du domaine ETH (Instituts fédéraux suisses de technologie). Eawag mène des recherches, dispense des formations et offre des conseils d’experts afin d’atteindre les doubles objectifs de répondre aux besoins humains directs en eau et de maintenir la fonction et l’intégrité des écosystèmes aquatiques.
Poste de postdoctorant pour le développement de pipelines analytiques et d’analyses visant à surveiller les espèces exotiques envahissantes dans les systèmes aquatiques à l’aide de l’eDNA (2 ans)
Le laboratoire Altermatt au Département d’écologie aquatique d’Eawag et le Département de biologie évolutive et d’études environnementales (IEU) de l’ Université de Zurich ont un poste vacant pour un
Les espèces exotiques envahissantes (EEE) sont un facteur majeur de perte de biodiversité à l’échelle mondiale et nationale. Les EEE se retrouvent dans tous les écosystèmes mais sont particulièrement répandues et problématiques dans les écosystèmes aquatiques, car leur gestion et leur contrôle, une fois établies, sont très difficiles voire impossibles. Par conséquent, la prévention et l’alerte précoce sont essentielles, et toutes deux dépendent de la surveillance et du suivi. L’ADN environnemental (eDNA) émerge comme un outil adapté pour la surveillance spatiale et temporelle ainsi que pour la reconnaissance précoce et le suivi de l’arrivée et de l’établissement des EEE, bien que la généralisation, la robustesse et la mise en œuvre soient encore en cours de développement.
Dans ce projet postdoctoral, vous établirez et développerez des pipelines analytiques pour analyser et surveiller les espèces exotiques envahissantes en utilisant des ensembles de données eDNA existants. L’accent initial sera mis sur les EEE en Europe centrale/Suisse, mais les pipelines doivent être évolutifs à travers l’Europe et au-delà. Les contributions et idées personnelles sont explicitement encouragées et une grande liberté intellectuelle pour façonner le projet est offerte.
Le projet implique : i) l’établissement de bases de données de référence pour les analyses de métabarcoding des EEE (basées sur la littérature/extraction de données à travers plusieurs marqueurs/groupes taxonomiques) ; ii) le développement de pipelines analytiques semi-automatisés de bout en bout pour les analyses de métabarcoding eDNA en ce qui concerne la surveillance et la détection des EEE, permettant une analyse autonome des signaux d’EEE dans les ensembles de données de métabarcoding eDNA et fournissant des mesures de confiance des détections d’EEE ; iii) la validation de principe et l’application de ces pipelines sur des ensembles de données eDNA aquatiques existants (poissons et invertébrés), s’appuyant sur des séries temporelles eDNA à haute résolution et plus de 250 sites de surveillance de routine à travers la Suisse.
Le projet est entièrement financé et lié à l’initiative NRP82 « Smart Monitoring of Swiss Waters (FutureProof) » ainsi qu’à une subvention de recherche de l’Office fédéral de l’environnement (BAFU/FOEN). Les résultats du projet seront publiés dans des revues scientifiques de premier plan, respecteront les principes FAIR, et aboutiront également à des outils applicatifs prêts à être mis en œuvre en étroite collaboration avec les parties prenantes.
Le poste est à pourvoir par un candidat motivé capable de jouer un rôle de premier plan dans l’analyse avancée des données et la programmation, avec un accent sur l’évaluation des EEE dans les systèmes d’eau douce à l’aide d’ensembles de données eDNA.
Pour postuler, vous devez être titulaire d’un doctorat en écologie moléculaire, bioinformatique, biodiversité ou sciences des données, ou dans un domaine scientifique étroitement lié. Vous devez avoir une expérience préalable en bioinformatique et en analyses de données de métabarcoding eDNA, ainsi que des connaissances en analyse de jeux de données sur la biodiversité/EEE. Une expérience générale en programmation et analyse de données est attendue. Une solide formation conceptuelle en écologie moléculaire/écologie d’eau douce et une bonne compréhension de la théorie écologique sont un atout. Un intérêt démontré pour la science ouverte et reproductible (par exemple principes FAIR, expérience avec des outils de gestion de versions) est un avantage. La langue de travail dans les groupes est l’anglais. La maîtrise orale et écrite est requise. Des compétences supplémentaires en allemand ou en français pour les interactions avec les parties prenantes sont utiles.
Le projet est dirigé par le Prof. Dr Florian Altermatt à l’Université de Zurich et à Eawag. Le candidat retenu sera basé et employé dans le groupe du Prof. Dr Florian Altermatt ( www.altermattlab.ch ) à l’Université de Zurich et à Eawag (Dübendorf, Suisse). Le projet permet des collaborations avec des parties prenantes nationales/cantonales. Le poste est entièrement financé pour deux ans et devrait débuter au 4e trimestre 2026 ou au 1er trimestre 2027.
Nous recherchons une personne très motivée, enthousiaste et indépendante, passionnée par la science et la mise en œuvre.
À Eawag, nous offrons un environnement de travail où des personnes aux expériences, forces et perspectives diverses peuvent pleinement contribuer et se développer. Ici, vous pouvez nous aider à progresser ! Nous favorisons une participation authentique, l’échange et la compréhension mutuelle. Nous créons des structures qui permettent la compatibilité entre travail et autres domaines de la vie, tels que les tâches de soins, et nous nous efforçons continuellement de réduire les barrières.
Avez-vous des exigences spécifiques concernant le processus de candidature ou le poste, ou avez-vous besoin d’informations supplémentaires ? Parlez-en avec nous – nous serons heureux de vous soutenir avec des solutions possibles pour un lieu de travail flexible, des horaires de travail et la conception du poste. Pour plus d’informations, veuillez consulter notre site web sur Eawag ainsi que nos conditions d’emploi.
Les candidatures doivent être soumises avant le 14 août 2026. Votre candidature doit inclure une lettre décrivant vos intérêts et leur pertinence pour ce poste, un CV complet, les diplômes universitaires, ainsi que les noms et coordonnées de trois références.
Pour toute question supplémentaire, consultez www.altermattlab.ch ou contactez le Prof. Dr Florian Altermatt .
Nous attendons votre candidature via cette page web avec impatience. Toute autre forme de candidature ne sera pas prise en compte. Veuillez cliquer sur le bouton ci-dessous, cela vous mènera directement au formulaire de candidature.
Dans ce projet postdoctoral, vous établirez et développerez des pipelines analytiques pour analyser et surveiller les espèces exotiques envahissantes en utilisant des ensembles de données eDNA existants. L’accent initial sera mis sur les EEE en Europe centrale/Suisse, mais les pipelines doivent être évolutifs à travers l’Europe et au-delà. Les contributions et idées personnelles sont explicitement encouragées et une grande liberté intellectuelle pour façonner le projet est offerte.
Le projet implique : i) l’établissement de bases de données de référence pour les analyses de métabarcoding des EEE (basées sur la littérature/extraction de données à travers plusieurs marqueurs/groupes taxonomiques) ; ii) le développement de pipelines analytiques semi-automatisés de bout en bout pour les analyses de métabarcoding eDNA en ce qui concerne la surveillance et la détection des EEE, permettant une analyse autonome des signaux d’EEE dans les ensembles de données de métabarcoding eDNA et fournissant des mesures de confiance des détections d’EEE ; iii) la validation de principe et l’application de ces pipelines sur des ensembles de données eDNA aquatiques existants (poissons et invertébrés), s’appuyant sur des séries temporelles eDNA à haute résolution et plus de 250 sites de surveillance de routine à travers la Suisse.
Le projet est entièrement financé et lié à l’initiative NRP82 « Smart Monitoring of Swiss Waters (FutureProof) » ainsi qu’à une subvention de recherche de l’Office fédéral de l’environnement (BAFU/FOEN). Les résultats du projet seront publiés dans des revues scientifiques de premier plan, respecteront les principes FAIR, et aboutiront également à des outils applicatifs prêts à être mis en œuvre en étroite collaboration avec les parties prenantes.
Le poste est à pourvoir par un candidat motivé capable de jouer un rôle de premier plan dans l’analyse avancée des données et la programmation, avec un accent sur l’évaluation des EEE dans les systèmes d’eau douce à l’aide d’ensembles de données eDNA.
Pour postuler, vous devez être titulaire d’un doctorat en écologie moléculaire, bioinformatique, biodiversité ou sciences des données, ou dans un domaine scientifique étroitement lié. Vous devez avoir une expérience préalable en bioinformatique et en analyses de données de métabarcoding eDNA, ainsi que des connaissances en analyse de jeux de données sur la biodiversité/EEE. Une expérience générale en programmation et analyse de données est attendue. Une solide formation conceptuelle en écologie moléculaire/écologie d’eau douce et une bonne compréhension de la théorie écologique sont un atout. Un intérêt démontré pour la science ouverte et reproductible (par exemple principes FAIR, expérience avec des outils de gestion de versions) est un avantage. La langue de travail dans les groupes est l’anglais. La maîtrise orale et écrite est requise. Des compétences supplémentaires en allemand ou en français pour les interactions avec les parties prenantes sont utiles.
Le projet est dirigé par le Prof. Dr Florian Altermatt à l’Université de Zurich et à Eawag. Le candidat retenu sera basé et employé dans le groupe du Prof. Dr Florian Altermatt ( www.altermattlab.ch ) à l’Université de Zurich et à Eawag (Dübendorf, Suisse). Le projet permet des collaborations avec des parties prenantes nationales/cantonales. Le poste est entièrement financé pour deux ans et devrait débuter au 4e trimestre 2026 ou au 1er trimestre 2027.
Nous recherchons une personne très motivée, enthousiaste et indépendante, passionnée par la science et la mise en œuvre.
À Eawag, nous offrons un environnement de travail où des personnes aux expériences, forces et perspectives diverses peuvent pleinement contribuer et se développer. Ici, vous pouvez nous aider à progresser ! Nous favorisons une participation authentique, l’échange et la compréhension mutuelle. Nous créons des structures qui permettent la compatibilité entre travail et autres domaines de la vie, tels que les tâches de soins, et nous nous efforçons continuellement de réduire les barrières.
Avez-vous des exigences spécifiques concernant le processus de candidature ou le poste, ou avez-vous besoin d’informations supplémentaires ? Parlez-en avec nous – nous serons heureux de vous soutenir avec des solutions possibles pour un lieu de travail flexible, des horaires de travail et la conception du poste. Pour plus d’informations, veuillez consulter notre site web sur Eawag ainsi que nos conditions d’emploi.
Les candidatures doivent être soumises avant le 14 août 2026. Votre candidature doit inclure une lettre décrivant vos intérêts et leur pertinence pour ce poste, un CV complet, les diplômes universitaires, ainsi que les noms et coordonnées de trois références.
Pour toute question supplémentaire, consultez www.altermattlab.ch ou contactez le Prof. Dr Florian Altermatt .
Nous attendons votre candidature via cette page web avec impatience. Toute autre forme de candidature ne sera pas prise en compte. Veuillez cliquer sur le bouton ci-dessous, cela vous mènera directement au formulaire de candidature.
Eawag : Institut fédéral suisse des sciences et technologies aquatiques
