Doctorant FNS en Réseaux d'Interactions Microbiennes et Écologie Métabolique

Introduction

L’Université de Lausanne est un établissement d’enseignement supérieur et de recherche composé de sept facultés où environ 14 300 étudiants et près de 3 800 collaborateurs, professeurs et chercheurs travaillent et étudient. Idéalement située au bord du lac Léman, près du centre-ville de Lausanne, son campus rassemble plus de 120 nationalités.

Présentation

Le laboratoire Pacheco (pachecolab.com) du Département de microbiologie fondamentale de l’Université de Lausanne propose un poste de doctorant FNS en réseaux d’interactions microbiennes et écologie métabolique (orientation expérimentale ou interdisciplinaire expérimentale/informatique).

Informations sur le poste

Date de début prévue : flexible, au plus tôt le 1er septembre 2026
Durée du contrat : 1 an, renouvelable
Taux d’activité : 100 %
Lieu de travail : Université de Lausanne, campus de Dorigny

Vos responsabilités

Le laboratoire Pacheco propose un poste pour étudier comment les conditions environnementales influencent les interactions microbiennes, avec un accent particulier sur les systèmes associés aux plantes.

Dans la nature, les microbes forment des communautés complexes dont les fonctions sont étroitement liées à celles des écosystèmes hôtes. Alors que des travaux antérieurs ont montré que la disponibilité des ressources influence fortement la composition des communautés microbiennes, nous manquons encore d’une compréhension mécanistique de la manière dont les conditions environnementales – en particulier celles associées aux plantes hôtes – modifient les interactions microbiennes.

Un défi majeur en écologie microbienne est que les interactions entre microbes ne sont pas fixes, mais dépendent du contexte environnemental. Les environnements associés aux plantes, tels que la rhizosphère, se caractérisent par des paysages de ressources complexes et dynamiques façonnés par les exsudats racinaires et la structure spatiale. Ces caractéristiques devraient influencer fondamentalement la coopération microbienne, la compétition et les dépendances métaboliques, mais les principes sous-jacents régissant ces effets restent mal compris.

À travers ce projet, nous visons à découvrir comment le contexte environnemental reconfigure les réseaux d’interactions microbiennes via des mécanismes métaboliques. En utilisant des systèmes expérimentaux contrôlés qui imitent les caractéristiques clés des environnements associés aux plantes, le candidat retenu étudiera systématiquement comment les changements dans la composition des ressources, la dynamique temporelle et la structure environnementale influencent les interactions entre bactéries. Un objectif central du projet est d’aller au-delà des interactions par paires et de développer une compréhension au niveau du réseau de la réponse des communautés microbiennes à la complexité environnementale.

Ce travail contribuera à un cadre prédictif liant traits métaboliques, conditions environnementales et réseaux d’interactions microbiennes, avec des applications à long terme dans la conception rationnelle de communautés microbiennes pour la santé des plantes et la durabilité environnementale. 

Vos qualifications

Nous recherchons un candidat motivé et curieux, avec un fort intérêt pour l’écologie microbienne et la biologie quantitative.
Les candidats doivent posséder :

-    Un master en microbiologie, biologie, bioingénierie, biologie des systèmes ou disciplines apparentées
-    Un fort intérêt pour les interactions microbiennes, le métabolisme et l’écologie
-    Une solide connaissance du métabolisme bactérien et de la biologie cellulaire
-    Une expérience pratique en culture microbienne et techniques microbiologiques générales
-    Des connaissances de base en programmation
-    Une maîtrise de l’anglais
-    Une forte motivation pour la recherche scientifique, une nature curieuse et la capacité de travailler de manière autonome et collaborative au sein d’une équipe interdisciplinaire en développement
-    Les candidats interdisciplinaires ayant une expérience en modélisation informatique ou bioinformatique pour l’écologie microbienne sont fortement encouragés à postuler

Ce que le poste vous offre

Vous rejoindrez un groupe de recherche interdisciplinaire nouveau et très motivé, axé sur la compréhension et l’ingénierie des interactions microbiennes pour la santé des hôtes et des applications durables. Situé dans le bâtiment Biophore avec vue sur le lac Léman et les Alpes, notre laboratoire est intégré dans l’environnement de recherche dynamique et international du Département de microbiologie fondamentale de l’Université de Lausanne. Nos locaux de biologie et informatique à la pointe de la technologie sont soutenus par l’excellente infrastructure de recherche de l’UNIL (par exemple, cluster informatique et installations de séquençage, métabolomique et microscopie) ainsi qu’un réseau collaboratif de chercheurs de premier plan en écologie microbienne, biologie computationnelle, agriculture durable et médecine (par exemple, NCCR Microbiomes, Département d’écologie et évolution, Institut suisse de bioinformatique, EPFL et CHUV). L’UNIL est profondément intégrée dans la communauté lausannoise et la région, qui offre de nombreuses opportunités de formation professionnelle et une vie culturelle riche.
Veuillez visiter notre site web pour plus d’informations sur notre groupe, nos intérêts de recherche et nos publications :
https://pachecolab.com

Contact pour plus d’informations

Prof. Alan Pacheco : alan.pacheco@unil.ch. 

Votre candidature

Date limite de candidature : l’examen des candidatures commencera immédiatement et se poursuivra jusqu’à ce que le poste soit pourvu.
Veuillez inclure votre dossier complet en format PDF, comprenant une lettre de motivation, un CV avec notes, une courte description des recherches antérieures et les coordonnées de deux références. 
Seules les candidatures via ce site web seront prises en compte.

Informations complémentaires

Souhaitant promouvoir une représentation équitable des hommes et des femmes parmi son personnel, l’Université de Lausanne encourage les candidatures féminines.