Postdoctorat en génomique spatiale des invertébrés aquatiques (3 ans)
- 03 juillet 2026
- 100%
- Durée indéterminée
- Dübendorf
À propos de cette offre
Eawag, l'Institut fédéral suisse des sciences et technologies aquatiques, est un institut de recherche aquatique internationalement connecté au sein du domaine ETH (Instituts fédéraux suisses de technologie). Eawag mène des recherches, de la formation et des conseils d'experts pour atteindre les doubles objectifs de répondre aux besoins humains directs en eau et de maintenir la fonction et l'intégrité des écosystèmes aquatiques.
Postdoctorat en génomique spatiale des invertébrés aquatiques (3 ans)
Le laboratoire Altermatt du Département d'écologie aquatique d'Eawag et le Département de biologie évolutive et d'études environnementales (IEU) de l' Université de Zurich ont un poste vacant pour un
La diversité génétique est la base de la sélection naturelle et de l'adaptation aux changements environnementaux et reflète la dynamique des populations contemporaines et passées. Sa compréhension est donc centrale tant d'un point de vue académique que de gestion. Cependant, la compréhension actuelle de la diversité génétique est encore fragmentée et repose largement sur un petit ensemble de marqueurs génétiques. Les avancées récentes dans l'analyse des données de séquençage du génome entier offrent des opportunités sans précédent pour caractériser la diversité génétique intraspécifique, la structure des populations et la diversité adaptative avec beaucoup plus de détails. Elles permettent également la reconstruction de l'histoire démographique récente, y compris les schémas de consanguinité et les changements de la taille effective des populations (Ne), permettant ainsi d'identifier les populations particulièrement vulnérables.
OneBioNet-G : Diversité génétique des espèces clés d'invertébrés dans les petits plans d'eau en Suisse est un projet transversal financé par le 2e Plan d'action suisse pour la biodiversité (AP SBS II) de l'Office fédéral de l'environnement (OFEV/BAFU). Notre objectif est d'intégrer la diversité génétique/génomique à travers plusieurs invertébrés aquatiques en Suisse afin de comprendre leur composition génétique et leur connectivité et de l'associer aux futurs changements climatiques et d'utilisation des terres à grande échelle.
Dans ce projet de postdoctorat, vous établirez et analyserez la diversité génomique de plusieurs espèces clés aquatiques selon une approche spatiale explicite. Cela inclut spécifiquement a) le séquençage de novo et l'assemblage de génomes provisoires pour plusieurs espèces d'insectes aquatiques (éphémères, plécoptères et trichoptères, EPT) et d'amphipodes, b) l'établissement de données génomiques pour environ 2 000 individus répartis sur des dizaines de populations (en utilisant le séquençage du génome entier / approches ddRAD), c) l'inférence de la diversité génétique, de la connectivité et de la variation génétique adaptative, y compris les changements rétrospectifs de consanguinité et de tailles effectives des populations, d) la réalisation d'analyses spatiales explicites de la diversité génétique/génomique et leur association à la topologie du réseau fluvial, aux variables environnementales et aux facteurs biogéographiques, et e) l'évaluation de la faisabilité, des forces et des limites potentielles des approches de surveillance génomique des populations pour un programme national de surveillance de la diversité génétique.
Le projet est entièrement financé par l'OFEV/BAFU, lié à l'initiative OneBioNet « Avancer la connectivité fonctionnelle des zones écologiquement précieuses à travers un système socio-écologique » et s'appuie sur une étude pilote suisse pour la surveillance de la diversité génétique (voir aussi ici ). Le projet met fortement l'accent sur l'établissement de données génomiques de référence pour les invertébrés aquatiques suisses et est mené en étroite collaboration avec les parties prenantes.
Le poste est à pourvoir par un candidat motivé capable de jouer un rôle de leader dans les analyses génétiques avancées, avec une forte expertise en génomique, y compris en laboratoire, bioinformatique et analyses spatiales.
Ce projet s'appuie sur des organismes collectés lors de campagnes d'échantillonnage représentatives (Suivi de la biodiversité suisse et Amphipod.ch). Vous établirez des génomes provisoires pour un ensemble sélectionné de 3 à 5 espèces EPT et 2 à 3 espèces d'amphipodes, établirez des données de séquençage WGS et/ou ddRAD au niveau des populations par espèce (en dirigeant le projet, mais avec un soutien technique de laboratoire important), et analyserez la diversité génétique à l'échelle du génome, la diversité génétique adaptative, la connectivité génétique et la structure spatiale du réseau, la consanguinité et les tailles effectives des populations. Vous dirigerez l'analyse, la mise en œuvre de ces indices, et développerez des stratégies possibles de surveillance génétique en collaboration avec les parties prenantes.
Pour postuler, vous devez être titulaire d'un doctorat en écologie moléculaire, écologie, sciences de la biodiversité ou dans un domaine scientifique étroitement lié. Vous devez avoir une expérience avérée en laboratoire et en bioinformatique dans les approches de séquençage du génome entier et/ou ddRAD, ainsi que des connaissances en analyse de données génomiques. Une expérience en bioinformatique, modélisation de la distribution spatiale ou programmation est un atout. Un solide bagage conceptuel en écologie moléculaire et une bonne compréhension de la théorie écologique et de l'analyse de données sont attendus. Des compétences avérées en rédaction scientifique sont nécessaires. La langue de travail dans les groupes est l'anglais. La maîtrise orale et écrite est requise. Des compétences supplémentaires en allemand ou en français sont souhaitables pour les interactions avec les parties prenantes.
Le projet global est dirigé par le Prof. Dr Florian Altermatt à Eawag/UZH. Le candidat retenu sera basé et employé à Eawag (Dübendorf, Suisse). Le projet implique des collaborations avec des parties prenantes à l'OFEV/BAFU, WSL, Université de Lausanne et le Centre de diversité génétique (GDC) à l'ETH Zurich. Le projet offre une grande indépendance et un rôle de leadership au candidat retenu. Le poste est entièrement financé pour trois ans et devrait débuter à l'automne 2026.
Nous recherchons une personne très motivée, enthousiaste et indépendante, passionnée par la science et sa mise en œuvre.
Chez Eawag, nous avons un environnement de travail où des personnes aux expériences, forces et perspectives différentes peuvent pleinement contribuer et se développer. Ici, vous pouvez nous aider à progresser ! Nous favorisons une participation authentique, l'échange et la compréhension mutuelle. Nous créons des structures qui permettent la compatibilité du travail avec d'autres domaines de la vie, comme le travail de soin, et nous nous efforçons continuellement de réduire les barrières.
Avez-vous des exigences spécifiques concernant le processus de candidature ou le poste, ou avez-vous besoin d'informations supplémentaires ? Parlez-en avec nous — nous serons heureux de vous soutenir avec des solutions possibles de lieu de travail flexible, d'horaires de travail et de conception de poste. Pour plus d'informations, veuillez consulter notre site web sur Eawag ainsi que nos conditions d'emploi.
Les candidatures doivent être soumises avant le 9 août 2026. Votre candidature doit inclure une lettre décrivant vos intérêts et leur pertinence pour ce poste, un CV complet, les diplômes universitaires, ainsi que les noms et coordonnées de trois références (le tout dans un seul fichier pdf).
Pour toute question supplémentaire, consultez www.altermattlab.ch ou contactez le Prof. Dr Florian Altermatt .
Nous attendons votre candidature via cette page web. Toute autre forme de candidature ne sera pas prise en compte. Veuillez cliquer sur le bouton ci-dessous, cela vous mènera directement au formulaire de candidature.
OneBioNet-G : Diversité génétique des espèces clés d'invertébrés dans les petits plans d'eau en Suisse est un projet transversal financé par le 2e Plan d'action suisse pour la biodiversité (AP SBS II) de l'Office fédéral de l'environnement (OFEV/BAFU). Notre objectif est d'intégrer la diversité génétique/génomique à travers plusieurs invertébrés aquatiques en Suisse afin de comprendre leur composition génétique et leur connectivité et de l'associer aux futurs changements climatiques et d'utilisation des terres à grande échelle.
Dans ce projet de postdoctorat, vous établirez et analyserez la diversité génomique de plusieurs espèces clés aquatiques selon une approche spatiale explicite. Cela inclut spécifiquement a) le séquençage de novo et l'assemblage de génomes provisoires pour plusieurs espèces d'insectes aquatiques (éphémères, plécoptères et trichoptères, EPT) et d'amphipodes, b) l'établissement de données génomiques pour environ 2 000 individus répartis sur des dizaines de populations (en utilisant le séquençage du génome entier / approches ddRAD), c) l'inférence de la diversité génétique, de la connectivité et de la variation génétique adaptative, y compris les changements rétrospectifs de consanguinité et de tailles effectives des populations, d) la réalisation d'analyses spatiales explicites de la diversité génétique/génomique et leur association à la topologie du réseau fluvial, aux variables environnementales et aux facteurs biogéographiques, et e) l'évaluation de la faisabilité, des forces et des limites potentielles des approches de surveillance génomique des populations pour un programme national de surveillance de la diversité génétique.
Le projet est entièrement financé par l'OFEV/BAFU, lié à l'initiative OneBioNet « Avancer la connectivité fonctionnelle des zones écologiquement précieuses à travers un système socio-écologique » et s'appuie sur une étude pilote suisse pour la surveillance de la diversité génétique (voir aussi ici ). Le projet met fortement l'accent sur l'établissement de données génomiques de référence pour les invertébrés aquatiques suisses et est mené en étroite collaboration avec les parties prenantes.
Le poste est à pourvoir par un candidat motivé capable de jouer un rôle de leader dans les analyses génétiques avancées, avec une forte expertise en génomique, y compris en laboratoire, bioinformatique et analyses spatiales.
Ce projet s'appuie sur des organismes collectés lors de campagnes d'échantillonnage représentatives (Suivi de la biodiversité suisse et Amphipod.ch). Vous établirez des génomes provisoires pour un ensemble sélectionné de 3 à 5 espèces EPT et 2 à 3 espèces d'amphipodes, établirez des données de séquençage WGS et/ou ddRAD au niveau des populations par espèce (en dirigeant le projet, mais avec un soutien technique de laboratoire important), et analyserez la diversité génétique à l'échelle du génome, la diversité génétique adaptative, la connectivité génétique et la structure spatiale du réseau, la consanguinité et les tailles effectives des populations. Vous dirigerez l'analyse, la mise en œuvre de ces indices, et développerez des stratégies possibles de surveillance génétique en collaboration avec les parties prenantes.
Pour postuler, vous devez être titulaire d'un doctorat en écologie moléculaire, écologie, sciences de la biodiversité ou dans un domaine scientifique étroitement lié. Vous devez avoir une expérience avérée en laboratoire et en bioinformatique dans les approches de séquençage du génome entier et/ou ddRAD, ainsi que des connaissances en analyse de données génomiques. Une expérience en bioinformatique, modélisation de la distribution spatiale ou programmation est un atout. Un solide bagage conceptuel en écologie moléculaire et une bonne compréhension de la théorie écologique et de l'analyse de données sont attendus. Des compétences avérées en rédaction scientifique sont nécessaires. La langue de travail dans les groupes est l'anglais. La maîtrise orale et écrite est requise. Des compétences supplémentaires en allemand ou en français sont souhaitables pour les interactions avec les parties prenantes.
Le projet global est dirigé par le Prof. Dr Florian Altermatt à Eawag/UZH. Le candidat retenu sera basé et employé à Eawag (Dübendorf, Suisse). Le projet implique des collaborations avec des parties prenantes à l'OFEV/BAFU, WSL, Université de Lausanne et le Centre de diversité génétique (GDC) à l'ETH Zurich. Le projet offre une grande indépendance et un rôle de leadership au candidat retenu. Le poste est entièrement financé pour trois ans et devrait débuter à l'automne 2026.
Nous recherchons une personne très motivée, enthousiaste et indépendante, passionnée par la science et sa mise en œuvre.
Chez Eawag, nous avons un environnement de travail où des personnes aux expériences, forces et perspectives différentes peuvent pleinement contribuer et se développer. Ici, vous pouvez nous aider à progresser ! Nous favorisons une participation authentique, l'échange et la compréhension mutuelle. Nous créons des structures qui permettent la compatibilité du travail avec d'autres domaines de la vie, comme le travail de soin, et nous nous efforçons continuellement de réduire les barrières.
Avez-vous des exigences spécifiques concernant le processus de candidature ou le poste, ou avez-vous besoin d'informations supplémentaires ? Parlez-en avec nous — nous serons heureux de vous soutenir avec des solutions possibles de lieu de travail flexible, d'horaires de travail et de conception de poste. Pour plus d'informations, veuillez consulter notre site web sur Eawag ainsi que nos conditions d'emploi.
Les candidatures doivent être soumises avant le 9 août 2026. Votre candidature doit inclure une lettre décrivant vos intérêts et leur pertinence pour ce poste, un CV complet, les diplômes universitaires, ainsi que les noms et coordonnées de trois références (le tout dans un seul fichier pdf).
Pour toute question supplémentaire, consultez www.altermattlab.ch ou contactez le Prof. Dr Florian Altermatt .
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